منو
احمد احمدی

استادیار

تاریخ به‌روزرسانی: 1403/10/01

احمد احمدی

کشاورزی / علوم دامی

رساله های دکتری

  1. شناسایی گیرنده های استروژن توسط روش ایمنوهیستوشیمیکال و بررسی بیان ژن TRPV6 در رابطه با تولید و کیفیت پوسته تخم مرغ درمرغ تخم گذار تحت روش های مختلف تولک بری
    1400
    مطالعه حاضر به منظور بررسی اثر سینرژیستیک آنزیم فیتاز و پروبیوتیک بر قابلیت هضم کلسیم، فسفر، نشاسته و بازده اقتصادی مرغ تخم گذار سویه نیک چیک طراحی گردید. تعداد 144 قطعه مرغ تخم گذار با طرح کاملا تصادفی در قالب آزمایش فاکتوریل در سن 86 هفتگی شامل 6 تیمار،4 تکرار و 6 قطعه مرغ در هر تکرار به مدت 8 هفته پرورش داده شد. تیمارهای آزمایش شامل سطوح مختلف آنزیم فیتاز (300-0 میلی گرم) و پروبیوتیک (100-50-0 میلی گرم) در کیلو گرم خوراک بود. در پایان هر هفته، از هر تکرار دو عدد تخم مرغ به طور تصادفی انتخاب و خصوصیات خارجی و داخلی تخم مرغ اندازه گیری شد. نشانگر غیر قابل هضم(اکسید تیتانیوم) (05/0)؛ برای اندازه گیری قابلیت هضم مواد مغذی به جیره اضافه شد و قابلیت هضم اسید آمینه لایزین مورد نیاز ونسبت نیاز متیونین به قابلیت هضم لایزین مورد نیاز محاسبه گردید و از طرفی بازده اقتصادی طبق معادلات مربوطه محاسبه شد.اثر سطوح فیتاز بر تولید تخم مرغ ، توده تخم مرغ و بازده اقتصادی کاهش معنی دار داشت (05/0>P) بعلاوه ضریب تبدیل غذایی را افزایش داده و بر مصرف خوراک و وزن تخم مرغ تاثیری نداشتند(05/0P). اثرسطوح مختلف آنزیم فیتاز و پروبیوتیک و همچنین تیمار ها بر هیچ یک از صفات خارجی تخم مرغ اثر معنی دار نداشتند (05/0P). اثر پروبیوتیک برنسبت زرده افزایش معنی دار نشان داد (05/0>P)؛از طرفی اثر تیمار های آزمایشی برشاخص سفیده، واحدهاو و نسبت زرده افزایش معنی داری نشان دادند (05/0>P) به گونه ای که اثر تیمار 6 (100-300) بیشترین مقدار را درصفات ذکرشده داشت. اثرسطوح مختلف فیتاز بر قابلیت هضم پروتئین خام وکلسیم افزایش معنی دار داشت (05/0>P)؛ برعکس بر قابلیت هضم ماده خشک ، نشاسته ، فسفر،نیاز اسید آمینه لایزین و نسبت نیاز متیونین به نیاز قابلیت هضم لایزین اثرات غیر معنی داری نشان داد (05/0P). به طوری که که تیمار6 (100-300) درصفات شرح دا
  2. بررسی برخی ژن های موثر بر چند قلوزایی و ترانسکریپتوم تخمدانی میش در چرخه فحلی
    1396
    رشد فولیکول های تخمدانی میش در خلال فصل تولیدمثل در هر دو فاز فولیکولار و لوتئال از چرخه فحلی و همچنین در خارج از فصل نیز اتفاق می افتد. این درحالی است که فولیکول ها تحت تاثیر هورمون های اندوکرینی کاملاً مجزا قرار می گیرند. از میان مخزن فولیکول های کوچک تخمدان میش، تنها یک یا دو عدد می توانند بالغ شده و به مرحله تخمک ریزی برسند. غالباً با افزایش نرخ فولیکول زایی و تخمک ریزی در متعاقب منجر به افزایش توان باروری میش نیز خواهد شد. تاکنون ارتباط های معنی دار بسیاری بین چندشکلی-ها در ژن های بزرگ اثر و یا کاندید با نرخ پرولیفیکاسی به اثبات رسیده است. فولیکول های آنترال کوچک در تمام گامه های تخمدان مشخصات ظاهری و بافت شناسی یکسان را به عنوان مخزن فولیکول های تخمدانی تا رسیدن به فولیکول زایی نهایی دارند. لذا به دلیل ابهامات بسیار از سرنوشت این دسته از فولیکول های تخمدانی از جنبه های مولکولی، تصمیم به شناسایی و مقایسه ی پروفایل جامع از ترانسکریپتوم سلول های گرانولوزای میش از فولیکول های آنترال کوچک (1-3 میلی متری) در فازهای فولیکولار و لوتئال از چرخه فحلی و همچنین در فصل غیر تولیدمثلی شد. نمونه سلول های گرانولوزا از تخمدان های تعداد 8 میش نژاد رومان فرانسوی پس از همزمان سازی فحلی طی فازهای فولیکولار (4 میش) و لوتئال (4 میش) دریافت شدند. نمونه های خارج فصل از دو دسته تخمدان های کشتارگاهی نژاد مهربان در اواخر تیرماه حاصل شدند. پس از استخراج RNA و تعیین کمیت، خلوص و کیفیت، ساخت کتابخانه cDNA انجام شد. تعداد ده نمونه بصورت paired end به روش تکنولوژی RNA-seq به وسیله دستگاه Illumina HiSeq 3000 توالی یابی شدند. از ابزارهای بیوانفورماتیکی از قبیلFastqc ، STAR 2، Samtools، Rmdup، Sigcufflinks، SARTools، DESeq2 و غیره تحت زبان برنامه نویسی R و همچنین Galaxy از پلاتفورم بیوانفورماتیک Toulouse Midi-Pyrénées جهت آنالیز 20 نمونه حاصله از خوانش های شماره 1 و2 استفاده شدند. بر حسب شاخص FPKM، تعداد 14354 و 14208 ژن به ترتیب در فاز فولیکولار و لوتئال تخمدانی از چرخه فحلی بیان شدند و همچنین تعداد 14686 ژن نیز در فاز آنستروس از فصل غیرتولیدمثلی بیان شدند. ضمناً تعداد 659، 332 و 822 ژن به طور اختصاصی به ترتیب در فاز فولیکولار، لوتئال و آنستروس در سلول های گرانولوزای فولیکول های آنترال کوچک بیان

پایان‌نامه‌های کارشناسی‌ارشد

  1. شناسایی چندشکلی ژن فولیستاتین و ارتباط آن با صفات مختلف درگوسفند
    1401
    پیش بینی می شود جمعیت جهان تا سال 2050 میلادی به بیش از 9 میلیارد نفر برسد. بر این اساس سازمان جهانی غذا و کشاورزی (FAO) یک افزایش 73 درصدی برای تقاضای گوشت برآورد می کند. با توجه به چالش های اقلیمی جهانی از قبیل گرمایش زمین و افزایش گازهای گلخانه ای، بحران جهانی آب، کمبود مراتع، هزینه بالای تولید نهاده های دامی و غیره لذا بعید به نظر می رسد تا با افزایش تعداد دام بتوان به تامین نیازهای پروتئین دامی دست یافت. از اینرو بر اساس چشم انداز کشاورزی کشورهای عضو سازمان توسعه و همکاری های اقتصادی (OECD-FAO) برای دهه آتی، نیاز به بهبود کارایی تولیدات دام و طیور بایستی مورد اولویت قرار بگیرد.فولیستاتین(FST)پروتئین تک زنجیره ایاعضایخانوادهTGF-βاست.کهبهعنوان یکی ازهورمون های پپتیدی تخمدانی شناخته می شود.علاوه بر بیان پروتئین فولیستاتین در بافت تخمدان، این پروتئین دربافت عضله نیز بیان می شودودارای نقش های زیست شناختی بسیاری می باشد.علاوه بر احتمال نقش تولیدمثلی،پروتئین فولیستاتین به عنوان مهارکننده وعامل ضد(آنتاگونیست )پروتئین میوستاتین درتکثیر سلول های عضلانی نقش دارد.ژن فولیستاتین(FST)برروی کروموزوم شماره16گوسفندقرارگرفته،ودارای6اگزون و6 اینترون می-باشد.این تحقیق با هدف بررسی چندشکلی های موجود درژن فولیستاتین (OAR_v.4.0;Chr16,NC_019473.2)درنژادهای گوسفندان ایرانی با دودسته بندی ازلحاظ جثه از قبیل نژادهای بزرگ جثه(مهربان، لری-بختیاری،شال،افشاری،آمیخته رومانو-افشاری)ونژادکوچک جثه(تالشی) با استفاده ازروش توالی یابی سانگروتکنیک PCR-SSCPانجام شد.درمجموع از تعداد 140 راس گوسفند ازنژادهای بزرگ جثه ازقبیل مهربان،لری-بختیاری،شال،افشاری،آمیخته رومانو-افشاری ونژاد گوسفندکوچک جثه تالشی ازسیاهرگ گردنی نمونه های خون جمع-آوری شدند.استخراج DNAژنومی از خون کامل انجام شد.واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR)با استفاده ازپرایمر های اختصاصی برای تکثیر قطعه پرایمر2به طول428جفت باز(بخشی ازانترون 1-اگزون2-بخشی ازانترون 2)وقطعه پرایمر3به طول581جفت باز(بخشی ازانترون 2-اگزون 3-بخشی ازانترون3) وقطعه پرایمر4به طول458جفت باز(بخشی ازانترون3-اگزون4بخشی ازانترون4)ژن فولیستاتین درتمامی نژادهاانجام شد.تعداد5 تا 10نمونه با جنسیت ماده ازهرنژادبرای توالی یابی ارسال شدند،نتایج توالی یابی حاکی ازشناسایی چندشکلیSNPg.2562802
  2. مقایسه روش های مختلف آماری در ارزیابی ژنومی صفات دارای معماری ژنتیک افزایشی و غالبیت
    1401
    چکیده هدف از انجام این تحقیق مقایسه روش های مختلف آماری ازجمله GBLUP ،BaeseA ، BayeseB ،BayeseC ،BayesLasso ،Ridge Regression، Boosting وSVM در ارزیابی ژنومی صفات با معماری ژنتیکی افزایشی و غالبیت بود. ژنومی متشکل از 5 کروموزوم و هر یک به طول یک مورگان شبیه سازی شد و روی هر کروموزوم 1000 نشانگر تک نکلئوتیدی (SNP) به طور یکنواخت پخش شد. در دو سناریو مختلف 500 و 50 QTL در نظر گرفته شد و توزیع اثرات آنها با توزیع نرمال، گاما و یکنواخت مدل سازی شد. به ترتیب به 10، 20، 50 و 100% از QTLها اثر غالبیت داده شد. جمعیت پایه به تعداد 100 فرد (50 نر و 50 ماده) شبیه سازی شده و برای ایجاد LD اجازه داده شد تا برای 50 نسل به طور تصافی در آن آمیزش صورت بگیرد. در نسل 51، اندازه جمعیت به 1000 فرد افزایش داده شد که این افراد دارای اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی بوده و جمعیت مرجع را تشکیل می دهند. افراد نسل 52 از آمیزش افراد نسل 51 ایجاد شدند که با افراد جمعیت مرجع دارای رابطه خویشاوندی بودند. افراد نسل 52، جمعیت تایید (حیوانات کاندید انتخاب) را تشکیل می دادند و تفاوت آنها با حیوانات جمعیت مرجع این بود که فاقد اطلاعات فنوتیپی بودند. از دو شاخص صحت ارزیابی پیش بینی ژنومی و اریبی برای تجزیه و تحلیل نتایج و مقایسه روش ها استفاده شد. نتایج نشان داد که عدم تفکیک اثرات غالبیت از اثرات افزایشی منجر به کاهش صحت ارزیابی ژنومی و افزایش اریبی ارزش های اصلاحی ژنومی خواهد شد. در تمامی سناریوهای بررسی شده از توزیع اثرات QTL، تعداد QTL و درصدهای مختلف از QTLهای دارای اثر غالبیت، روش های بیزی استفاده شده از صحت پیش بینی بالاتری برخوردار بودند و برآوردهای آنها حداقل اریبی را داشت. روش Boosting به طور معنی داری از کمترین صحت پیش بینی برخوردار بود و اریبی برآوردهای آن نیز از بقیه روش های مطالعه شده بیشتر بود. عملکرد روش SVM و رگرسیون ریج نیز از Boosting بهتر بود اما از روشهای بیزی و GBLUP در برخی سناریوها کمتر بود. از نظر سرعت انجام محاسبات نیز GBLUP سریعترین و Boosting کندترین روش بودند.
  3. بررسی چندشکلی ژن TLR4 و ارتباط آن با بیماری بروسلوز در گوسفند مهربان
    1400
    ژن گیرنده ناقوسی شکل شماره 4 (TLR4) به عنوان یکی از ژن های موثر در مقاومت یا حساسیت به بیماری ها شناخته شده است. در مطالعه حاضر، چندشکلی های اگزون شماره سه ژن TLR4 و ارتباط آنها با مقاومت یا حساسیت به بیماری بروسلوز در گوسفند مهربان با استفاده از روش چندشکلی آرایش فضایی تک رشته ای (SSCP) و توالی یابی DNA مورد ارزیابی قرار گرفت. از تعداد 326 راس میش نژاد مهربان که شامل میش های با سابقه سقط و میش های بدون سابقه سقط بودند نمونه خون در دو لوله با EDTA و بدون ماده ضد انعقاد تهیه گردید. وجود یا عدم وجود عفونت بروسلوز با آزمایش های سرولوژیک پلیت رزبنگال، رایت و الایزا روی همه نمونه ها بررسی گردید و استخراج DNA بر روی 120 نمونه خون گوسفندان (37 نمونه آلوده و 83 نمونه غیرآلوده به بروسلوز) انجام شد. با واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) یک قطعه 256 جفت بازی از اگزون شماره سه ژن TLR4 همه نمونه ها تکثیر گردید. با بررسی نتایج روش SSCP و داده های توالی یابی، هفت جهش تک نوکلئوتیدی شامل g.1032G>C، g.1066T>C، g.1088A>G، g.1091T>C، g.1097C>G، g.1132C>T وg.1183G>T در پنج الگوی متفاوت SSCP شناسایی شد که به جز جهش g.1132C>T، بقیه باعث تغییر کدون های اسیدآمینه می شوند. بررسی آماری با استفاده از آزمون کای اسکور، ارتباط معنی دار بین ژنوتیپ ها و میزان حساسیت یا مقاومت به بیماری بروسلوز را در گوسفندان مهربان نشان داد که مهمترین آنها چندشکلی تک نوکلئوتید g.1066T>C بود که باعث جایگزین شدن اسید آمینه لوسین به جای فنیل آلانین در کدون شماره 356 زنجیره پروتئینی می شود و همه گوسفندان با ژنوتیپ CC حساس به بروسلوز بودند. مطالعه حاضر نشان می دهد که ژن TLR4 می تواند یک نشانگر ژنتیکی بالقوه برای بررسی مقاومت یا حساسیت به بیماری بروسلوز در گوسفند باشد.
  4. چند شکلی ژن FSHR در گوسفند مهربان و ارتباط آن با صفت چند قلوزایی
    1400
    ژن هورمون محرک فولیکولی (FSHR) نقش مهمی در تحریک رشد آندومتریوم،توسعه فولیکولی و بلوغ،تولید استرادیول و تخمک گذاری دارد. در مطالعه حاضرچند شکلی های اگزون 7 و 8 و REG ژنFSHR و ارتباط آن ها با سه قلوزایی (تعداد بره در هر زایش) با استفاده از روش چندشکلی آرایش فضایی تک رشته ای(SSCP)و توالی یابیDNA در 120 راس میش نژاد مهربان شامل میش های تک قلوزا، سه قلوزا مورد ارزیابی قرار گرفت. در واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR)یک قطعه 300 جفت بازی اگزون 7 و8 و یک قطعه 243 جفت بازی از REG ژن FSHR تکثیر شدند. چهار جهش تک نوکلئوتیدی شامل : g.88 T>C g.210 G>T ، g.212 G>C ،g.221 A>G مریوط به REG ژن FSHR در گوسفندان نژاد مهربان هتروزیگوت بودند. و در قطعه 300 اگزون 7 و 8 دارای 3 الگوی متفاوت و هیچ جهشی مشاهده نشد. بررسی ارتباط بین ژنوتیپ ها و صفت چندقلوزایی (تعداد بره در هر زایش) با استفاده از آزمون کای اسکوردر اگزون 7 و 8 هیچ تفاوت معنی داری ندارد، اما ارتباطات معنی داری بین سه ژنوتیپ شناسایی شده در ناحیه REG ژن FSHR صفت چند قلوزایی مشاهده شد.
  5. اثر سینرژستیک آنزیم فیتاز و پروبیوتیک بر قابلیت هضم اسیدهای آمینه ، نشاسته و تغذیه اقتصادی مرغ های تخمگذار سویه نیک چیک
    1400
    مطالعه حاضر به منظور بررسی اثر سینرژستیک آنزیم فیتاز و پروبیوتیک بر قابلیت هضم اسیدهای آمینه، نشاسته و تغذیه اقتصادی مرغ تخم گذار سویه نیک چیک طراحی گردید. تعداد 144 قطعه مرغ تخم گذار در با طرح کاملا تصادفی در قالب فاکتوریل در سن 86 هفتگی شامل 6 تیمار،4 تکرار و 6 قطعه مرغ در هر تکرار به مدت 8 هفته پرورش داده شد. تیمارهای آزمایش شامل سطوح مختلف آنزیم فیتاز (300-0 میلی گرم) و سطوح مختلف پروبیوتیک (100-50-0 میلی گرم) بودند. لازم به ذکر است که پروبیوتیک به صورت سرک به جیره اضافه شد. میزان مصرف خوراک به صورت هفتگی و تعداد تخم مرغ، وزن تخم مرغ، تعداد تخم مرغ های شکسته و لمبه و تلفات احتمالی به صورت روزانه ثبت گردید. در پایان هر هفته، از هر تکرار دو عدد تخم مرغ به طور تصادفی انتخاب و خصوصیات خارجی، داخلی تخم مرغ اندازه گیری شد و با استفاده از مارکر (اکسید تیتانیوم) (05/0)؛ قابلیت هضم ماده خشک،پروتئین خام، نشاسته، کلسیم، فسفر اندازه گیری شد و قابلیت هضم اسید آمینه لایزین ونسبت نیاز متیونین به قابلیت هضم نشاسته محاسبه گردید و بازده اقتصادی طبق معادلات مربوطه محاسبه گردید. اثر سطوح فیتاز بر تولید تخم مرغ و توده تخم مرغ کاهش معنی دار (05/0>P) و بر مصرف خوراک، وزن تخم مرغ،ضریب تبدیل غذایی اثرات غیر معنی داری نشان داد (05/0P) ولی بر همه ی صفات عملکردی معنی دار نبود (05/0P) برعکس بر قابلیت هضم ماده خشک ، نشاسته، کلسیم ، فسفر، اسید آمینه لایزین و نسبت نیاز متیونین به قابلیت هضم لایزین اثرات غیر معنی داری نشان داد (05/0P) ؛در حالی که
  6. تنوع ژنتیکی اگزون 8 ژن BMPR1B در گوسفند و ناحیه همولوگ آن در انسان و ارتباط آنها با باروری و چندقلوزایی
    1400
    ژن BMPR1B به دلیل آثار مهمی که روی صفت تعداد بره در هر زایش و مکانیسم کنترلی نرخ تخمک گذاری در گوسفند دارد به خوبی شناخته شده است. پژوهش حاضر به منظور بررسی رابطه چندشکلی اگزون 8 این ژن و بخش همولوگ آن در انسان با صفات باروری و چندقلوزایی انجام شد. نمونه های خون از تعداد 83 میش تک قلوزا و چندقلوزای نژاد مهربان و 81 زن نابارور، تک قلوزا و دوقلوزا جمع آوری شدند. در واکنش زنجیره ی پلیمراز یک قطعه 190 جفت بازی از اگزون 8 ژن BMPR1B تکثیر شد. چندشکلی موجود در بخش تکثیر شده با روش های چند شکلی فضایی تک رشته ای (SSCP) و توالی یابی DNA مورد بررسی بررسی قرار گرفت. چندشکلی های مشاهده شده با بخش MegAlign نرم افزار DNASTAR و با توالی های مرجع در پایگاه NCBI مقایسه شدند. در میش های مهربان، یک چندشکلی تک نوکلئوتیدی G)→A) با سه ژنوتیپ AA، AG و GG در سه الگوی متفاوت SSCP بخش تکثیر شده شناسایی شد. این جهش در جایگاه 159 از بخش مورد بررسی در ژن BMPR1B جهش برولا است و سبب تبدیل اسیدآمینه آرژنین به گلوتامین (R→Q) در جایگاه 78 از توالی پلی پپتیدی با شماره دسترسی AF312016 در پایگاه NCBI می شود. روش های SSCP و توالی یابی DNA هیچ چند شکلی در نمونه های انسانی نشان نداد. بررسی ارتباط ژنوتیپ های مشاهده شده در نمونه های گوسفند با تعداد بره در هر زایش، با استفاده از آزمون کای اسکور، نشان داد که دو ژنوتیپ AG و GG در اگزون 8 ژن BMPR1B آثار مثبتی روی صفت چندقلوزایی در گوسفند داشتند (05/0>P). با توجه به نتایج به دست آمده، جهش FecB در اگزون 8 ژن BMPR1B می-تواند برای انتخاب به کمک نشانگرها در گوسفند مورد ملاحظه قرار گیرد. اما با توجه به عدم مشاهده این جهش در انسان، به نظر می رسد که این ژن نقشهای متفاوتی در دو گونه انسان و گوسفند ایفا می کند.
  7. اثر اندازه ذرات کلسیم بر قابلیت هضم کلسیم و فسفر،عملکرد و کیفیت پوسته تخم مرغ در مرغان تخم گذار سویه نیک چیک
    1399
    اثر اندازه ذرات کلسیم بر قابلیت هضم کلسیم و فسفر،عملکرد و کیفیت پوسته تخم مرغ در مرغان تخم گذار سویه نیک چیک
  8. چند شکلی اگزون های دو و پنج ژن پرولاکتین و ارتباط آن ها با صفات تولیدی در گاوهای هلشتاین
    1399
    صفات تولید شیر، از صفات اقتصادی مهم در گاوهای شیری هستند که به عنوان صفات کمی، تحت تاثیر محیط و تعداد زیادی ژن قرار می گیرند. با استفاده از نشان گرهای مولکولی و انتخاب به کمک نشانگرها می توان بازده انتخاب برای بهبود ژنتیکی صفات تولید شیر را افزایش داد. ژن پرولاکتین یکی از ژن های عمده موثر بر تولید شیر است و جستجو برای یافتن چندشکلی های مرتبط با صفات تولید شیر در آن، برای طرح ریزی انتخاب به کمک نشانگرها برای بهبود ژنتیکی بازده اقتصادی گاوهای شیری ضروری است. این مطالعه با هدف بررسی چند شکلی ژنتیکی ژن پرولاکتین و ارتباط آن با صفات تولید شیر در جمعیتی از گاوهای هلشتاین ایران انجام شد. نمونه های خون به طور تصادفی از154 راس گاو شیری هلشتاین متعلق به دو گله، شامل 99 نمونه از گله تلیسه نمونه در استان تهران و 55 نمونه از گله درجزین دشت گل در استان همدان جمع آوری شدند. DNA ژنومی به روش فنول _ کلروفرم استخراج شد. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با دستگاه نانودراپ و الکتروفورز روی ژل آگارز یک درصد مورد بررسی قرار گرفتند. واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر یک قطعه 291 جفت بازی در اگزون پنج و یک قطعه 181 جفت بازی از اگزون دو ژن پرولاکتین انجام شد. چند شکلی های قطعات تکثیر شده با روش چند شکلی فضایی رشته های منفرد (SSCP) مورد بررسی قرار گرفتند. از هر الگوی SSCP دو نمونه توالی یابی شدند. تغییرات توالی قطعات تکثیر شده با نرم افزار DNASTAR مورد بررسی قرار گرفت. ارتباط ژنوتیپ های مشاهده شده و صفات تولیدی، شامل تولید شیر، تولید چربی، تولید پروتئین، درصد چربی و درصد پروتئین، توسط تجزیه مدل های خطی عمومی، با نرم افزار SAS بررسی شد، که در آن دوره شیردهی، گله و ژنوتیپ به عنوان عوامل ثابت در نظر گرفته شدند. بر اساس نتایج به دست آمده، در جمعیت مورد بررسی، اگزون شماره 2 ژن پرولاکتین تک شکل بود اما در جایگاه 213 جفت بازی اگزون شماره 5 این ژن، یک جهش A به T مشاهده شد. فراوانی های ژنوتیپ های AA، AT وTT در این جایگاه، به ترتیب 461/0، 526/0 و 013/0 بود. جهش مشاهده شده در اگزون 5 یک جهش خاموش بود و تاثیری در تغییر توالی اسیدهای آمینه کد شده نداشت. صفات مورد بررسی، ارتباط معنی داری با ژنوتیپ های مشاهده شده نداشتند. با توجه به نتایج به دست آمده از این پژوهش، به نظر نمی رسد که چندشکلی مشاهده شده در اگزون
  9. مقایسه روش های مبتنی بر درخت تصمیم در ارزیابی ژنومی
    1399
    هدف از انجام تحقیق حاضر مقایسه سه روش یادگیری ماشین درخت رگرسیونی (Regression Tree)، جنگل تصادفی (Random Forest) و Boosting در ارزیابی ژنومی بود. . اگرچه تا کنون روش های جنگل تصادفی و Boosting در ارزیابی ژنومی مورد استفاده قرار گرفته بودند اما اطلاعاتی در مورد عملکرد درخت رگرسیونی در پیش بینی ارزش های اصلاحی در دسترس نبود. در ضمن بین این سه روش نیز از نظر صحت پیش بینی و مدت زمان انجام محاسبات و میزان حافظه مورد نیاز نیز مطالعه جامعی صورت نگرفته بود. بدین منظور ژنومی متشکل از 5 کروموزوم هریک به طول 1مورگان شبیه سازی شد که روی آن 5000 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) با فراوانی اولیه 5/0 در دو سناریوی 10 و 100 QTL به طو یکنواخت پخش شد. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرمال استاندارد، یکنواخت وگاما در سه سطح از وراثت پذیری (1/0، 3/0 و 5/0) مدل سازی شدند. در ادامه عملکرد سه روش مورد نظر در سناریوی های مختلف از نظر تعدادQTL ، سطوح وراثت پذیری و توزیع اثرات QTL مورد مقایسه قرار گرفت. همبستگی بین ارزش های اصلاحی ژنومی پیش بینی شده و ارزش های اصلاحی ژنومی شبیه سازی شده به عنوان شاخص صحت پیش بینی ارزیابی ژنومی جهت مقایسه روش ها مورد استفاده قرار گردید. نتایج بدست آمده برتری روش جنگل تصادفی را نسبت به روش درخت رگرسیونی نشان داد و همچنین برتری این روش بر روش Boosting در غالب سناریوی های بررسی شده مشاهده شد، اگرچه تفاوت های دو روش فقط در برخی سناریوها معنی دار بود) 05/0p<). در هر سه روش با افزایش وراثت پذیری و کاهش تعداد QTL صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی افزایش یافت. توزیع اثرات QTL در اکثر سناریوها تاثیری بر افزایش صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی نداشت و فقط توزیع گامای اثرات QTL در برخی سناریوها صحت پیش بینی را افزایش داد. درخت رگرسیونی اگرچه سرعت بالایی داشت و حافظه کمی را صرف انجام آنالیزها کرد اما صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی آن بسیار پایین یود و لذا جهت ارزیابی ژنومی پیشنهاد نمی شود. روش Boosting از نظر سرعت محاسباتی بسیار کند بود و در ضمن به حافظه زیادی جهت انجام آنالیزها احتیاج داشت. از آنجا که صحت روش روش جنگل تصادفی نسبت به دو روش دیگر بیشتر بود و از نظر سرعت محاسباتی و میزان حافظه مورد نیاز نیز عملکرد خوبی از خود نشان داد، ما این روش را جهت ارزیابی ژنومی پیشنهاد م
  10. بررسی عملکرد رشد و تولید مثل بره های آمیخته حاصل از آمیزش قوچ رومانوف با میش های لری ، لری بختیاری و افشاری
    1399
    به دلیل بهره گیری از خواص هتروزیس، در بیشتر صفات تولیدی، به ویژه صفات با توارث پذیری پایین، پیشرفت در اثر آمیخته گری قابل ملاحظه می باشد. این پژوهش به منظور بررسی اثر آمیخته گری قوچ رومانوف بامیش های لری، لری بختیاری و افشاری بر صفات رشد و عملکرد تولیدمثلی بره های دورگ حاصل انجام شد. برای این منظور از اطلاعات 895 راس میش تلقیح شده با رومانف، متعلق به دامپروری شرکت کشت و صنعت و گردشگری فجر صفای لرستان واقع در شهرستان خرم آباد استفاده گردید. رکوردها با استفاده از نرم افزار SAS تجزیه و تحلیل شدند. در ترکیب های مختلف نژادی، میانگین وزن تولد بره های نر از بره های ماده و تک قلوها از دوقلوها به طور معنی داری سنگین تر بودند (05/0p<). در بین ترکیب های نژادی مختلف از نظر وزن تولد، بره های بختیاری-رومانف، افشاری-رومانف و لری-رومانف در رتبه اول تا سوم قرار گرفتند، به طوری که تفاوت وزن تولد بره های بختیاری-رومانف و افشاری-رومانف نسبت به لری-رومانف معنی دار بود. در ترکیب های مختلف نژادی، متوسط افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری بره های نر از بره های ماده و برای بره های یک قلو به طور معنی داری از دوقلو بیشتر بود. در بین ترکیب های نژادی مختلف نیز ترکیب نژادی بختیاری-رومانف و افشاری-رومانف از لری-رومانف به طور معنی داری افزایش وزن روزانه بیشتری داشتند (05/0p<). در ترکیب های مختلف نژادی، بره های نر در مقایسه با بره های ماده و بره های تک قلو در مقایسه بـا بـره هـای دوقلـو وزن شیرگیری بیشـتری داشتند. همچنین وزن شیرگیری بره های آمیخته بختیاری-رومانف و افشاری-رومانف تفاوت معنی داری نداشت در حالیکه هر دو ترکیب به طور معنی داری از لری-رومانف سنگین تر بودند (05/0p<). در همه ترکیب های نژادی، متوسط افزایش وزن روزانه از شیرگیری تا پنج ماهگی بره های نر به طور معنی داری از بره های ماده و برای بره های یک قلو به طور معنی داری از دوقلو بیشتر بود. همچنین در بین ترکیب های نژادی مختلف نیز تفاوت معنی داری از نظر این صفت وجود نداشت. به طور مشابه با سایر صفات رشد، وزن پنج ماهگی بره های نر از ماده و همچنین بره های یک قلو به-طور معنی داری از تیپ دوقلو بیشتر بود و در بین ترکیب های نژادی مختلف وزن پنج ماهگی بره های بختیاری-رومانف و افشاری-رومانف از لری-رومانف به طور معنی داری بیشتر بود. همین نتایج برای صفت
  11. چندشکلی ژن FSHB و ارتباط آن با صفت چندقلوزایی در گوسفند مهربان
    1398
    ژن هورمون محرک فولیکولی بتا (FSHB) نقش مهمی در تحریک رشد آندومتریوم، توسعه فولیکولی و بلوغ، تولید استرادیول و تخمک گذاری دارد. در مطالعه حاضر، چندشکلی های اگزون دو و سه ژنFSHB و ارتباط آن ها با چندقلوزایی (تعداد بره در هر زایش) با استفاده از روش چندشکلی آرایش فضایی تک رشته ای (SSCP) و توالی یابی DNA در 118 راس میش نژاد مهربان مورد ارزیابی قرار گرفت. در واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) یک قطعه 300 جفت بازی از اگزون دو و یک قطعه 431 جفت بازی از اگزون سه ژن FSHB تکثیر شدند. چهار هاپلوژنوتیپ و پنج جهش تک نوکلئوتیدی شامل g.109 C>G،g.169 C>T ، g.200 C>T، g.236 C>T و g.299 C>A (منجر به تغییر اسیدآمینه آرژنین به تریپتوفان (p.60W>R) و یک جهش 64 نوکلئوتیدی اضافه (Insertion) و یک جهش 8 نوکلئوتیدی حذف(Deletion) در اگزون دو ژن مورد مطالعه شناسایی شدند. همچنین دو SNPs (g.80 C>T و g.259 C>T) با سه ژنوتیپ در اگزون سه ژن FSHB در این نژاد شناسایی شدند. که نتایج حاصل از ترجمه توالی جهش جایگاه 259 نشان دهنده یک تغییر اسید آمینه ای سرین به سیستئین در کدون شماره 27 (p.27C>S) بود. بررسی ارتباط بین ژنوتیپ ها و صفت چندقلوزایی (تعداد بره در هر زایش) در اگزون دو هیچ تفاوت معنی داری نشان نداد، اما ارتباطات معنی داری برای ژنوتیپ های اگزون سه مشاهده شدند.
  12. بررسی کارایی فنی واحدهای پرورش مرغ گوشتی در استان همدان
    1398
    اندازه گیری کارایی فنی از اهداف کلی این تحقیق محسوب می گردد. برای این منظور با استفاده از روش نمونه گیری طبقه بندی متناسب با حجم 222 واحد پرورش مرغ گوشتی با کمک فرمول کوکران در سطح استان همدان انتخاب گردید. از طریق تکمیل پرسشنامه،آمار و اطلاعات لازم برای یک دوره پرورش فصول پاییز یا زمستان جمع آوری شد وجهت نیل به اهداف تحقیق با استفاده از روش تحلیل فراگیر داده ها به کمک نرم افزار DEA کارایی فنی واحدهای پرورش مرغ گوشتی برآورد شد. سپس با استفاده از نرم افزار spss نسخه 17 ارتباط کارایی فنی واحدهای پرورش مرغ گوشتی و پارامترهای ویژگی فردی مدیر (سن و تجربه ، جنسیت ، میزان تحصیلات ، رشته تحصیلی ، گذراندن دوره آموزشی، نام دوره آموزشی)، وضعیت مالکیت مرغداری، وضعیت و نوع فعالیت مدیر، نوع سیستم پرورش، ظرفیت واقعی، مساحت سالن ها و تراکم جوجه ریزی ، نوع سیستم گرمایشی، کیفیت جوجه یک روزه خریداری شده، محل تامین جوجه یک روزه، سویه جوجه یک روزه خریداری شده، چگونگی تهیه خوراک، محل تامین اقلام خوراک، نحوه تهیه فرمول خوراک، میانگین ضریب تبدیل، درصد تلفات، میانگین طول دوره پرورش و وزن زنده هنگام فروش بررسی شده است. نتایج نشان دادند که میانگین کارایی فنی واحد های پرورش مرغ گوشتی برابر 2/54 درصد بود. به طور متوسط واحدهای پرورش مرغ گوشتی با 8/45 درصد عدم کارایی فنی مواجه هستند. نتایج نشان داده شد واحدهایی که خوراک مورد نیاز خود را در داخل مرغداری تهیه کردند، دارای سیستم بسته بودند، سیستم گرمایشی فن جت استفاده کردند، به صورت شرکت رسمی اداره شدند، طول دوره پرورش زیر 51 روز داشتند ، ضریب تبدیل زیر 9/1 به 1 داشتند، دارای درصد تلفات زیر 4 درصد بودند، جوجه ریزی با تراکم 9 تا 12 قطعه در مترمربع استفاده کردند، جوجه یک روزه خود را از دفاتر تهیه جوجه یک روزه خریداری و همینطور از سویه کاب جهت پرورش استفاده کردند نسبت به واحدهای دیگر از کارایی فنی بالاتری برخوردار بودند. همچنین تفاوت معنی داری ازنظر میزان کارایی فنی در مدیران مرغداری از سطح تحصیلات، رشته تحصیلی و دوره های آموزشی آنها مشاهده نگردید. نتایج نشان داد که 91 درصد (202 واحد) واحدهای پرورش مرغ گوشتی دارای بازده فزاینده نسبت به مقیاس هستند.
  13. تاثیر سطوح مختلف انرژی قابل سوخت و سازبر مکمل سلنیوم مخمری در جیره بر عملکرد و خصوصیات تخم مرغ در مرغان تخمگذار
    1398
    کمبود غذا به ویژه کمبود پروتئین حیوانی، یکی از مهمترین مسائل و مشکلات غذایی در جهان امروز می باشد (راتکلیف ، 2006). طیور نه تنها به عنوان یکی از منابع اصلی گوشت جهان و یک منبع کلیدی پروتئین حیوانی برای تغذیه جمعیت انسانی در حال رشد می باشند بلکه یک مدل ارزشمند برای مطالعه عوامل ایمونولوژی نیز به شمار می روند.
  14. بررسی چند شکلی ژن KISS1 و ارتباط آن با صفات تولیدی و تولید مثلی در بزهای مرخز
    1398
    نوروپپتید KISS1 از جمله هورمون های پروتئینی است که در کنترل فعالیت های مرتبط با بلوغ و فحلی در حیوانات مزرعه ای مشارکت دارد. پژوهش حاضر با هدف بررسی چندشکلی های احتمالی ژن KISS1 و ارتباط آنها با صفات تولیدی و تولیدمثلی در بزهای نژاد مرخز (بز بومی ایران) انجام شد. در تحقیق حاضر، از تعداد 146 نمونه خون جمع آوری شده بز نژاد مرخز موجود در ایستگاه دامپروری سنندج واقع در شهرستان سنندج استفاده شد. رکوردهای مختلف تولیدی و تولیدمثلی این جمعیت شامل وزن تولد (BW0)، وزن از شیرگیری (BW90)، وزن 180 روزگی (BW180)، وزن 270 روزگی (BW270)، وزن یک سالگی (BW365)، افزایش وزن روزانه پیش از شیرگیری (ADG0-90)، افزایش وزن روزانه پس از شیرگیری تا یک سالگی (ADG90-365)، نسبت کلیبر پیش از شیرگیری (KR0-90)، نسبت کلیبر پس از شیرگیری (KR90-365) و رکورد تولیدمثلی میانگین تعداد بزغاله به ازای هر زایش (ALS) بودند. استخراج DNA از خون با استفاده از کیت شرکت سیناژن در آزمایشگاه ژنتیک مولکولی گروه علوم دامی دانشگاه بوعلی سینا انجام شد. واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) برای تکثیر دو قطعه 429 جفت بازی اگزون 1 و قطعه 453جفت بازی اینترون 2 از این ژن مورد بررسی قرار گرفت. چندشکلی های ژنتیکی قطعه های مورد نظر با روش چند شکلی فضایی تک رشته ای منفرد (SSCP) بررسی شدند. در مجموع تعداد شش الگوی باندی متفاوت یافت شد که الگوهای 1، 2 و 3 متعلق به قطعه 429 جفت بازی بودند و الگوهای 4، 5 و 6 نیز متعلق به قطعه 453 جفت بازی بودند. از هر الگوی متفاوت یافت شده تعداد سه نمونه بطور تصادفی برای توالی یابی به روش سانگر انتخاب و توالی یابی شدند. جهت شناسایی چندشکلی های ژنی تمامی توالی ها بر روی ژنوم رفرنس بُز (شماره ثبت ژن بانکKR065750.1) همتراز شدند. نتایج همترازی حاکی از شناسایی تعداد 9 جهش چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) در قطعه 429 جفت بازی از ژن KISS1 بود. این جهش ها برحسب جایگاه ژنی بصورت چندشکلی های g.202C>A، g.246G>A، g.270G>A، g.273G>A، g.310G>A، g.368G>A، g.370G>A، g.379G>A و g.406C>A بودند. براساس توالی این جهش ها دو احتمال هاپلوتایپی در الگوهای 2 و3 شناسایی شدند. در قطعه 453 جفت بازی به دلیل کیفیت پایین خوانش ها امکان شناسایی نوکلوتیدی چندشکلی ها نبود. براساس فراوانی الگوهای مشاهده شده در دو قطعه 429 و 453 جفت بازی از ژن KI
  15. اثرمکمل سلنیوم و کروم بر قابلیت نگهداری منی (دو حالت سرد و منجمد) و باروری در قوچ های مهربان
    1398
    این آزمایش به منظور بررسی اثر مکمل سلنیوم و کروم بر قابلیت نگهداری بصورت سرد و منجمد منی در قوچ های نژاد مهربان و بارور کردن میش ها توسط قوچ های تحت تیمار کروم انجام شد. این آزمایش بصورت فاکتوریل 2×2 و در قالب طرح کاملا تصادفی با 4 تیمار و 3 تکرارصورت گرفت. تعداد 20 راس قوچ بالغ حدوداً 2- 4 ساله با میانگین وزنی 70 کیلوگرم که از سلامت عمومی کامل برخوردار بودند به طور تصادفی در 4 گروه آزمایشی تقسیم شدند و به مدت 60 روز از تیمارهای آزمایشی تغذیه کردند. تیمار ها شامل: 1- تیمار شاهد (فقط جیره پایه) 2- تیمار سلنیوم (جیره پایه بعلاوه 6/0 میلی گرم سلنیوم به ازاء هر راس قوچ در روز) 3- تیمار کروم (جیره پایه بعلاوه 1 میلی گرم کروم به ازاء هر راس قوچ در روز) 4- تیمار کروم به همراه سلنیوم (جیره پایه بعلاوه 6/0 میلی گرم سلنیوم و 1 میلی گرم کروم به ازاء هر راس قوچ در روز) بود. خوراک دهی هر روز در دو وعده صبح و بعد از ظهر انجام می شد. جهت تعیین خصوصیات کیفی و کمی منی قوچ ها، عملیات اسپرم گیری در هفته های 1، 2، 3، 4، 5 و 6 آزمایش انجام شد. سپس پس از اسپرم گیری مقداری از منی بعد از رقیق سازی و اضافه کردن مواد افزودنی در دمای ازت مایع قرار داده شدند(پس از یک ماه یخگشایی شدند و کیفیت، زنده مانی و یکپارچگی غشای اسپرم ها اندازه گیری شد.) و مقداری از آن نیز به مدت 72 ساعت در دمای سرد یخچال نگهداری شدند و کیفیت، زنده مانی و یکپارچگی غشای اسپرم ها در زمان های 0، 24، 48 و 72 اندازه گیری شد. نتایج به دست آمده از نگهداری در دمای سرد یخچال نشان می دهد مکمل سازی جیره قوچ ها با کروم باعث افزایش معنی دار زنده مانی اسپرم ها در کل دوره آزمایش گردید(05/0P<). همانطور که نتایج حاصل از این آزمایش نشان داد زنده مانی اسپرم در تیمار سلنیوم نسبت به تیمار شاهد بیشتر بود. همچنین مقایسه ترکیب تیماری در زمان 48 ساعت پس از نگهداری سرد اسپرم معنی دار بود (05/0>P) و زنده مانی اسپرم در تیمار سلنیوم و سلنیوم به همراه کروم نسبت به تیمار شاهد بیشتر بود. همچنین نتایج حاصل از این آزمایش نشان داد مکمل سازی جیره با کروم و سلنیوم تاثیری بر تحرک کل اسپرم، حرکت پیشرونده، میزان جنبایی نوع A و همچنین فراسنجه های LIN، VSL، VCL، ALH، VAP، WOB، STR و BCF نداشت(05/0
  16. تعیین نیازمندی ترئونین و اثر آن بر عملکرد، سیستم ایمنی و مورفولوژی روده باریک جوجه های گوشتی
    1398
    این مطالعه به منظور تعیین نیازمندی سطوح مختلف ترئونین جیره بر عملکرد، خصوصیات لاشه، سیستم ایمنی، پاسخ های ایمنی هومورال و ریخت شناسی سلول های پوششی ژژنوم و ایلئوم در جوجه های گوشتی انجام گرفت. برای این منظور، از تعداد 272 قطعه جوجه گوشتی یک روزه سویه راس 308 استفاده گردید. جوجه ها به صورت تصادفی به 4 تیمار و 4 تکرار (17 جوجه در هر تکرار ) در قالب یک طرح کاملا تصادفی اختصاص داده شد. تیمار های آزمایشی شامل: 4 سطح ترئونین در دوره آغازین (96/0، 91/0، 86/0، 81/0)، دوره رشد (87/0، 82/0، 77/0، 72/0) و دوره پایانی (78/0، 73/0، 68/0، 63/0) بودند. جیره های آزمایشی در طی سه دوره مختلف آغازین (10-1 روزگی)، رشد (24-11 روزگی) و پایانی (25-42 روزگی) در اختیار پرندگان قرار گرفت. میانگین افزایش وزن روزانه، مصرف خوراک روزانه و ضریب تبدیل به صورت هفتگی اندازه گیری شد. در روز 35 دوره پرورش، به یک پرنده از هر تکرار میزان 5/0 میلی لیتر سوسپانسون 7 درصد گلبول قرمز گوسفندی برای پاسخ های ایمنی اولیه به عضله ران تزریق گردید. در سنین 21 و 42 روزگی، دو پرنده از هر تکرار (با وزن نزدیک به میانگین) برای بررسی تاثیر تیمار های آزمایشی بر خصوصیات لاشه و بافت شناسی روده کشتار و نمونه های از ناحیه ی ژژنوم و ایلئوم جهت بررسی ارتفاع ویلی، عمق کریپت، نسبت ارتفاع به عمق ویلی و تعداد سلول های گابلت جمع آوری گردید. همچنین قبل از کشتار برای شمارش CBC از پرندگان خون گیری انجام و در لوله های حاوی ماده ضد انعقاد خون (EDTA) ریخته شد. همچنین در پایان آزمایش لاشه، سینه، ران، پشت، سنگدان، پیش معده، پانکراس، کبد، قلب، چربی محوطه ی بطنی و اندام های لنفاوی شامل طحال، تیموس و بورس فابریسیوس وزن شد و بر اساس درصدی از وزن زنده بیان گردید. اطلاعات حاصل از این آزمایش با استفاده از رویه GLM توسط نرم افزار (2016)SAS آنالیز شد. نتایج نشان دادر که افزایش سطح ترئونین باعث افزایش وزن پیش معده در سن 21 روزگی شد (05/0>P). همچنین باعث افزایش وزن زنده و وزن کبد در سن 42 روزگی شد(05/0>P). نتایج تحقیق اخیر عدم تاثیر مکمل سازی ترئونین بر وزن و طول نسبی قسمت های مختلف دستگاه گوارش، در طول دوره پرورش در جوجه های گوشتی را نشان می دهد (05/0P)، اما با
  17. مقایسه عملکرد دو روش k-نزدیکترین همسایه و جنگل تصادفی در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته
    1398
    در این مطالعه عملکرد دو روش جنگل تصادفی (Random Forest, RF) و k-نزدیکترین همسایه (KNN) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته در سناریوهای مختلف از درصد حذف ژنوتیپ ها، تعداد افراد حاضر در جمعیت و تعداد نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) مورد مقایسه قرار گرفت. به این منظور، ژنومی متشکل از 1 کروموزوم به طول یک مورگان که بر روی آن در سناریوهای مختلف به ترتیب 250، 500، 700 و 1000 SNP با فراوانی اولیه یکسان 5/0 توزیع شده بود برای به ترتیب 250، 500، 700 و 1000 فرد شبیه سازی شد. در ادامه جهت ایجاد فایل اطلاعات حاوی ژنوتیپ های از دست رفته، اطلاعات ژنوتیپی به ترتیب 5%، 10%، 25%، 50%، 75% و 90% از SNPهای فراد به طور تصادفی از ماتریس ژنوتیپی افراد حذف شده و مجدداً توسط روش های RF و KNN بازیابی شدند. درصد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده (نسبت تعداد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده به کل ژنوتیپ-های از دست رفته) به عنوان شاخصی از صحت بازیابی ژنوتیپ در سناریوهای مختلف مورد استفاده قرار گرفت. صحت بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته با استفاده از روش SVD قابل توجه بود به طوری که با افزایش درصد ژنوتیپ های از دست رفته تا 25%، RF و KNN با صحتی در حدود 80% ژنوتیپ های از دست رفته را بازیابی نمود. در سناریوهای50%، 75% و 90% ژنوتیپ از دست رفته صحت بازیابی ژنوتیپ کاهش یافت. در یک درصد ثابت از ژنوتیپ های از دست رفته، با افزایش تعداد نشانگر صحت بازیابی ژنوتیپ در هر دو روش RF و KNN افزایش یافت. همچنین، در شرایط برابر از تعداد نشانگر و درصد ژنوتیپ از دست رفته، با افزایش تعداد افراد حاضر در جمعیت از 250 فرد به 1000 فرد، توانایی بازیابی ژنوتیپ توسط هر دو روش RF و KNN افزایش یافت. به طور کلی روش روش RF از عملکرد بهتری نسبت به روش KNN برخوردار بود به نحوی که صحت بازیابی ژنوتیپ توسط روش RF در سناریوهای مختلف به طور میانگین 10% بالاتر از روش KNN بود.
  18. بررسی عملکرد و خصوصیات دستگاه گوارش جوجه گوشتی راس و کاب در پاسخ به جیره پلت حاوی فیبر نامحلول
    1397
    -----
  19. اثر مکمل سلنیوم و کروم بر خصوصیات منی، متابولیسم گلوکز و برخی فراسنجه های خونی در قوچ های نژاد مهربان
    1397
    هدف از این آزمایش بررسی اثر مکمل سلنیوم و کروم بر خصوصیات منی، متابولیسم گلوکز و برخی فراسنجه های خونی در قوچ های نژاد مهربان بود. تعداد 20 راس قوچ بالغ 2- 4 ساله با میانگین وزنی44/10±75/69 کیلوگرم که از سلامت عمومی کامل برخوردار بودند به طور تصادفی به 4 گروه تقسیم و به مدت 60 روز با تیمارهای آزمایشی تغذیه شدند. آزمایش بصورت طرح فاکتوریل 2×2 و در قالب طرح کاملا تصادفی با 4 تیمار و 5 تکرار بود.تیمار ها شامل: 1- تیمار شاهد (فقط جیره پایه) 2- تیمار سلنیوم (جیره پایه بعلاوه 6/0 میلی گرم سلنیوم به ازاء هر راس قوچ در روز) 3-تیمار کروم ( جیره پایه بعلاوه 1 میلی گرم کروم به ازاء هر راس قوچ در روز) 4- تیمار کروم به همراه سلنیوم (جیره پایه بعلاوه 6/0 میلی گرم سلنیوم و 1 میلی گرم کروم به ازاء هر راس قوچ در روز) بود. خوراک دهی هر روز در دو وعده صبح و بعد از ظهر انجام می شد. خصوصیات کیفی (حجم انزال و غلظت اسپرم) و کمی (تعداد اسپرم، مورفولوژی اسپرم، سلامت غشاء اسپرم و زنده مانی اسپرم) منی قوچ ها در 6 هفته پایانی آزمایش ارزیابی شد. در روز های 30 و 60 آزمایش قبل از نوبت خوراکدهی صبح از طریق سیاهرگ وداج خونگیری صورت گرفت. برخی فراسنجه های خونی مانند غلظت عناصر معدنی (کلسیم، فسفر، آهن، روی و مس)، برخی فراسنجه های متابولیکی و هماتولوژی ، ظرفیت آنتی اکسیدانی کل و غلظت مالون دی آلدهید پلاسمای خون اندازه گیری شد. در پایان آزمایش، از هر تیمار 4 راس قوچ برای آزمون تحمل گلوکز انتخاب و به ازاء هر کیلوگرم وزن زنده 5/0 میلی لیتر دکستروز 50% به داخل ورید وداج تزریق و در زمان های 5، 10، 15، 20، 25، 30، 45، 60، 90، 150، 180 دقیقه بعد خونگیری شد. سپس نرخ زدودگی گلوکز از پلاسما، زمان رسیدن به نصف و سطح زیر منحنی محاسبه شد. نتایج حاصل نشان داد مکمل کروم و سلنیوم بر خصوصیات بیضه ها، غلظت اسپرم، تعداد اسپرم و خصوصیات حرکتی اسپرم در کل دوره آزمایش تاثیری نداشت. حجم انزال، زنده مانی اسپرم، سلامت غشاء اسپرم و میل جنسی قوچ ها در تیمار دریافت کننده کروم به طور معنی داری نسبت به تیمار شاهد افزایش یافت (05/0>P). همچنین میزان ناهنجاری کل در تیمار کروم نسبت به تیمار شاهد به طور معنی داری کاهش یافت (05/0>P). مکمل سلنیوم باعث افزایش سلامت غشاء اسپرم و کاهش ناهنجاری کل اسپرم ها نسبت به تیمار شاهد شد (05/0>P). غلظ
  20. بررسی چندشکلی ژن HSP70A1A در گوسفندان مهربان و رومانف و بزهای نژاد مرخز و بومی
    1397
    تنش حرارتی از جمله تنش های محیطی تاثیرگذار بر عملکرد تولیدی دام و طیور می باشد. تاثیر مقاومت سلولی به استرس به وسیله خانواده ای از پروتئین ها که به اصطلاح پروتئین های شوک گرمایی (HSP) نامیده می شود، ایجاد می شود. ژن های پروتئین شوک گرمایی، مقاومت دام را به شرایط محیطی تحت تاثیر قرار می دهد. در این مطالعه جهت بررسی احتمال وجود تنوع ژن HSP70A1A، خونگیری از 100 راس گوسفند نژاد مهربان، 41 راس گوسفند نژاد رومانف، 146 راس بز نژاد مرخز و 20 راس بز نژاد بومی همدان از سیاهرگ وداجی با ونوجکت های حاوی EDTA گرفته شد. برای استخراج DNA از کیت DNPTM Kit(شرکت سیناژن) استفاده شد. واکنش های زنجیره ای پلیمراز (PCR)جهت تکثیر قطعه 247 جفت بازی قسمتی از جایگاه ابتدایی اگزون ژن HSP70A1A و قطعه 298 جفت بازی در قسمت میانی اگزون ژن HSP70A1A انجام گرفت. جهت تعیین تنوع در ژن مذکور گوسفندان و بزها، در قطعات DNA تکثیر شده نمونه ها از روش PCR-SSCP استفاده شد. پس از بررسی نتایج حاصل در گوسفندان رومانف و مهربان، دو الگوی باندی متفاوت در قطعه ابتدایی ژن HSP70A1A و سه الگوی متفاوت در قطعه میانی ژن HSP70A1A مشاهده شد که فراوانی این الگوها در نژادهای مهربان و رومانف متفاوت بود، همچنین بررسی نتایج حاصل از SSCP در بزهای نژاد مرخز و بومی همدان، نشان دهنده وجود سه الگوی مختلف در قطعه ابتدایی ژن مذکور در نمونه ها بود. برای حصول اطمینان از الگو-های مختلف مشخص شده توسط PCR-SSCP و تعیین دقیق وجود چند شکلی مشاهده شده 3 نمونه از هر الگو بصورت تصادفی جهت توالی یابی ارسال شد. در قطعه 247 جفت بازی دو جهش هاپلوژنوتیپ و در قطعه 298 جفت بازی سه جهش هاپلوژنوتیپ مشاهده گردید. همچنین ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ های یافت شده در هر دو قطعه تکثیر شده اگزون ژن HSP70A1A با صفات تولید مثلی گوسفندان وجود نداشت. در بررسی نتایج نمونه های توالی یابی شده در بزها تفاوت میان الگوهای حاصل تایید نشد. بر اساس نتایج مشاهده شده در این تحقیق در رابطه با تنوع ژن HSP70A1A در حیوانات ، به نظر می رسد لازم است تحقیقات بیشتری در رابطه با ژن مذکور و ارتباط آن با صفات مختلف گوسفندان و بزها انجام شود.
  21. اثر افزودن کروم و سلنیوم آلی به جیره بر عملکرد، فعالیت آنتی اکسیدانی و برخی فراسنجه های خونی در مرغ های تخم-گذار سویه هایلاین
    1397
    این آزمایش به منظور بررسی اثر سلنیوم و کروم آلی بر عملکرد، فعالیت آنتی اکسیدانی و فراسنجه های خونی درمرغ های تخم گذار انجام شد. مجموعا 96 قطعه مرغ تخم گذار سویه36W در سن89 هفتگی انتخاب و به 4 تیمار، 4 تکرار و 6 قطعه مرغ در هر تکرار تقسیم شد. تیماهای آزمایشی شامل: 1-شاهد: فقط جیره پایه (بر پایه ذرت و سویا)، 2-سلنیوم: جیره پایه بعلاوه 3/0پی پی ام سلنیوم به شکل مخمر سلنیوم، 3-کروم: جیره پایه بعلاوه 200 پی پی بی کروم به شکل کروم-متیونین، 4-سلنیوم-کروم: جیره پایه بعلاوه مقادیر ذکر شده در تیمار 2 و 3 بود. آزمایش در قالب طرح کاملا تصادفی و بصورت آزمایش فاکتوریل 2×2 بود. صفات عملکردی (درصد تولید تخم مرغ، وزن تخم مرغ، گرم تخم مرغ تولیدی، مصرف خوراک و ضریب تبدیل)، صفات کیفی تخم مرغ ( واحدهاو، شاخص تخم مرغ، شاخص زرده تخم مرغ، شاخص رنگ زرده تخم مرغ و ضخامت پوسته تخم مرغ) و فراسنجه های خونی (گلوکز، تری گلیسرید، کلسترول، آلبومین، پروتئین کل، کلسیم، فسفر، تعداد گلبولهای قرمز، هماتوکریت، هموگلوبین، حجم متوسط گلبول قرمز، مقدار متوسط هموگلوبین در گلبول قرمز، غلظت هموگلوبین در گلبول قرمز، شمارش افتراقی انواع گلبول های سفید، مالون دی آلدئید و ظرفیت آنتی اکسیدانی کل) اندازه گیری شد. همچنین تست تحمل گلوکز در هفته پایانی آزمایش از طریق خوراندن گلوکز صورت گرفت سپس کینتیک گلوکز محاسبه شد. تیمار سلنیوم تاثیری بر صفات عملکردی نداشت (05/0P>)، اما ظرفیت آنتی اکسیدانی کل را بهبود بخشید و غلظت مالون دی آلدئید پلاسما را کاهش داد (05/0P<). تیمار کروم موجب بهبود توده تخم مرغ، درصد تولید و ضریب تبدیل غذایی گردید (05/0P<). همچنین این تیمار ظرفیت آنتی اکسیدانی کل را بهبود بخشید و مقدار مالون دی آلدئید را کاهش داد (05/0P<). غلظت پلاسمایی گلوکز 120 دقیقه پی از خوراندن گلوکز در تیمار کروم نسبت به سایر تیمارها کمتر بود (05/0P<). صفات کیفی تخم مرغ و فراسنجه های خونی تحت تاثیر تیمارها قرار نگرفتند (05/0P>). بطور کلی نتایج این پژوهش نشان داد افزودن 200 پی پی بی کروم به شکل کروم-متیونین به جیره مرغ های تخمگذار سویه هایلاین باعث بهبود توده تخم مرغ، درصد تولید، ضریب تبدیل غذایی و متابولیسم گلوکز می گردد. همچنین افزودن کروم و سلنیوم یا ترکیب هردو باعث بهبود توان آنتی اکسیدانی کل و کاهش پراکسیداسیون لیپیدهای پلاسم
  22. اثر تزریق ویتامین E و سلنیوم قبل از جفت گیری بر بازده تولید مثلی، فعالیت آنتی اکسیدانی و برخی فراسنجه های خونی در میش های همزمان شده مهربان
    1397
    هدف تعیین اثر تزریق ویتامین E و سلنیوم قبل از جفت گیری بر بازده تولید مثلی، فعالیت آنتی اکسیدانی و برخی فراسنجه های خونی در میش های همزمان شده مهربان بود. جهت انجام این آزمایش چهل راس میش مهربان (2-3 ساله) به دو گروه (20n=) تقسیم و از پسچر مزارع غلات بعنوان جیره پایه تغذیه نمودند. چرخه تولیدمثلی با استفاده از سیدر پروژسترون و هورمون eCG همزمان و 48 ساعت پس از برداشت سیدر، میش ها در معرض قوچ های بارور قرار گرفتند. تیمارهای آزمایشی شامل تیمار 1: فقط پسچر مزارع غلات استفاده نمود، تیمار 2: پسچر مزارع غلات بعلاوه دریافت سه بار تزریق سلنیوم و ویتامین E هر یک به فاصله 2 هفته (بار اول 2 هفته قبل از سیدرگذاری، بار دوم هنگام سیدرگذاری، بار سوم هنگام خارج سازی سیدر) بود. در هر بار 5 میلی لیتر مکمل سلنیوم و ویتامینE به صورت داخل عضلانی تزریق شد که هر میلی لیتر حاوی 5/0 میلی گرم سلنیوم به صورت نمک سلنیت سدیم و50 واحد بین المللی ویتامین E به صورت دی ال آلفاتوکوفریل بود. نمونه خون میش ها در زمان های روز صفر، سیدرگذاری، خارج سازی سیدر، 5، 10 و 15روز پس از قوچ اندازی از طریق ورید وداج جمع آوری و پس از جداسازی سرم و پلاسما، در دمای 0C 70- نگهداری شد. فراسنجه های متابولیکی خون (غلظت سرمی گلوکز، پروتئین تام، آلبومین، گلوبولین، تری گلیسیرید، کلسترول، آلکالین فسفاتاز، آسپارتات آمینوترانسفراز، آلانین آمینوترانسفراز) اندازه گیری شد. غلظت سرمی پروژسترون به روش الایزا، ظرفیت آنتی اکسیدانی کل به روش FARPو مالون دی آلدهید به روش واکنش تیوباربیتوریک اسید اندازه گیری شد. شاخص های باروری، دوقلوزایی، تزاید گله، وزن تولد بره ها و درصد زنده مانی بره ها ثبت و محاسبه گردید. آزمایش در قالب طرح کاملا تصادفی بود. داده های گلوکز، پروتئین تام، آلبومین، گلوبولین، تری گلیسیرید، کلسترول، آلکالین فسفاتاز، آسپارتات آمینوترانسفراز، آلانین آمینوترانسفراز، پروژسترون، ظرفیت آنتی اکسیدانی کل و مالون دی آلدهید به روش آنالیز واریانس و با استفاده از نرم افزار آمار SAS و رویه MIXED و داده های مربوط به درصد باروری، دوقلوزایی، زنده مانی و تزاید گله از طریق آزمون کای مربع و رویه GENMOD آنالیز و مقایسه میانگین ها در سطح معنی داری 5% انجام شد. غلظت های گلوکز، آلبومین، آلکالین فسفاتاز، آلانین آمینوترانسفراز، فسفر در همه ی زما
  23. بررسی اثر منابع مختلف فیبر در جیره بر عملکرد و قابلیت هضم مواد مغذی در ایلئوم و سکوم جوجه های گوشتی
    1396
    این آزمایش برای بررسی اثرات استفاده از منابع مختلف فیبر نامحلول بر صفات عملکردی، ویژگی های دستگاه گوارش، قابلیت هضم مواد مغذی، ریخت شناسی روده، جمعیت میکروبی انتهای دستگاه گوارش، pH و ویسکوزیته محتویات روده به همراه رطوبت بستر و همچنین مقایسه برخی صفات در ایلئوم و سکوم در جوجه های گوشتی از سن 1 تا 42 روزگی اجرا شد. تعداد 380 قطعه جوجه گوشتی یکروزه (سویه راس 308) در قالب یک طرح کاملا تصادفی با 5 تیمار، 4 تکرار و 19 قطعه در هر تکرار اختصاص داده شدند. تیمار های آزمایشی شامل: تیمار شاهد (ذرت- کنجاله سویا) و رقیق کردن جیره پایه با 3 درصد پوسته ی آفتابگردان، پوسته ی سویا و کاه گندم فرآوری شده و 1 درصد آربوسل بود. نتایج آزمایش نشان داد که 3 درصد پوسته ی آفتابگردان، پوسته سویا و کاه فرآوری شده در جیره دوره ی آغازین (1 تا 10 روزگی) به بیشترین مقدار خوراک مصرفی نسبت به تیمار شاهد منتهی شد (05/0P<). میانگین خوراک مصرفی در دوره های رشد (11 تا 24 روزگی)، پایانی (25 تا 42 روزگی) و کل دوره (1 تا 42 روزگی) و همچنین ضریب تبدیل غذایی در هیچ یک از دوره های آزمایشی تحت تاثیر تیمار های آزمایشی قرار نگرفت. بیشترین افزایش وزن بدن در دوره آغازین و دوره رشد مربوط به تیمار حاوی پوسته آفتابگردان بود (05/0P<). درصد وزن لاشه، ران و سینه در سن 28 روزگی و 42 روزگی تحت تاثیر تیمار های آزمایشی قرار نگرفت. در سن 28 و 42 روزگی، وزن اندام های گوارشی و طول بخش های مختلف روده تحت تاثیر تیمار های آزمایشی قرار نگرفت. در سن 42 روزگی وزن دئودنوم در تیمارهای شاهد، 1 درصد آربوسل و 3 درصد پوسته ی آفتابگردان در جیره نسبت به دیگر تیمارها افزایش معنی دار نشان داد (05/0P<). همچنین تیمار شاهد و پوسته ی آفتابگردان در جیره سبب افزایش معنی دار وزن ژژنوم شد (05/0P<). تفاوت آماری معنی داری در میزان pH چینه دان، سنگدان و بخش های مختلف روده کوچک وجود نداشت. اما تیمار حاوی 3 درصد کاه فرآوری شده و پوسته سویا سبب کاهش معنی دار pH پیش معده نسبت به سایر تیمار ها شدند (05/0P<). در سن 42 روزگی، میزان ویسکوزیته ی ایلئوم و سکوم جوجه های گوشتی تغذیه شده با 1 درصد آربوسل افزایش معنی داری در مقایسه با تیمار های دیگر داشت (05/0P<). به طور کلی استفاده از 1 درصد آربوسل در جیره به کاهش جمعیت ای کولای درسکوم منتهی شد (05/0P<). از سویی جمع
  24. تعیین تنوع ژنتیکی ژن پروتئین پرایون در گوسفندان نژاد مهربان و رومانف
    1396
    اسکراپی یا بیماری آنسفالوپاتی های اسفنجی شکل قابل انتقال (TES) یک بیماری عفونی کشنده گوسفند و بز است که روی سیستم عصبی مرکزی حیوان تاثیر می گذارد. اسکراپی در گوسفندان برای اولین بار در اروپا شناسایی شد که ابتدا باعث کاهش تولید شیر و ضعیف شدن حیوان شده و در نهایت مرگ حیوان را به دنبال دارد. ژن پروتئین پرایون (PRNP) روی کروموزوم شماره 13 گوسفند قرار گرفته و از 3 اگزون و 2 اینترون تشکیل شده است. تنوع ژنتیکی در ژن PRNP در کدون های زیادی مشاهده شده است اما وجود چندشکلی در برخی جایگاه های کدونی نادر بوده و تنها در 3 کدون مربوط به بخشی از اگزون شماره 3 (کدون های 136، 154 و 171) از این ژن در ارتباط با وقوع اسکراپی گزارش شده است. در این پژوهش، از 124 راس گوسفند ( 85 راس نواد مهربان و 39 راس نژاد رومانف) نمونه های خون جمع آوری شد و سپس استخراج DNA و کنترل کمی و کیفی آن انجام گرفت و با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی یک قطعه 173جفت بازی )باز 498 تا 670 از توالی بخشی از اگزون سه( ژن پروتئین پرایون تکثیر شد. با استفاده از تکنیک PCR-SSCP الگوی های باندی )چند شکلی ها( برای هریک از نمونه ها در جمعیت مورد مطالعه شناسایی شدند و بعد از توالی یابی جهش تک نوکلئوتیدی در جایگاه 625 (128 قطعه مورد مطالعه( اگزون 3 ژن مشاهده شد که این جهش در کدون 171 باعث تغییر اسید آمینه آرژنین (R) به گلوتامین (Q) گردید در این مطالعه سه هاپلوتایپ ARR/ARR، ARR/ARQ و ARQ/ARQ شناسایی شد که بیشترین فراوانی مربوط به هاپلوتایپ مقاومت بالا به بیماری اسکراپی (ARR/ARR) بود. در گروه گوسفندان مهربان 61/2 درصد و در گوسفندان رومانف 46/15 درصد نمونه ها با داشتن ژنوتیپ ARR/ARR در دسته گوسفندان مقاومت بالا به این بیماری قرار گرفتند. اطلاعات بدست آمده در این پژوهش شاید بتواند برای برنامه های اصلاحی جهت کنترل این بیماری در جمعیت گوسفندان ایران موثر باشد.
  25. برآورد تنوع های ژنتیکی اتوزومال و وابسته به جنس برای صفات وزن بدن در گوسفند مغانی
    1396
    ژن های وابسته به جنس (قرار گرفته روی کروموزوم X) بخش قابل توجهی از ژنوم را تشکیل می-دهند، لذا ممکن است آثار قابل توجهی بر برخی از صفات کمی داشته باشتد. هدف از این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی وابسته به جنس صفات وزن بدن در گوسفند مغانی بود. داده ها به کار برده شده شامل رکوردهای وزن بدن گوسفندان مغانی بودند که طی سال های 1374 تا 1394 در مرکز تحقیقات و اصلاح نژاد دام جعفرآباد مغان در استان اردبیل جمع آوری شده بودند. رکوردهای تصحیح شده برای سن، برای تجزیه دو مرحله های به کار برده شدند و رکوردهای خام توسط مدل های تک مرحله-ای تجزیه شدند. به طور کلی، 23170 رکورد تصحیح شده توسط مدل های دو مرحله ای تجزیه شدند و 22158 و 11397 رکورد به ترتیب برای تجزیه توسط مدل های رگرسیون ثابت و رگرسیون تصادفی به کار برده شدند. آثار ثابت موثر بر صفات مختلف با تجزیه های مدل های خطی عمومی تعیین شدند، که بر اساس نتایج به دست آمده، سال-فصل تولد، نوع تولد، جنس و سن مادر هنگام زایش به عنوان آثار ثابت در همه مدل ها و ضریب هم خونی به عنوان عامل همبسته برای وزن تولد و وزن از شیرگیری در مدل های دومرحله ای در نظر گرفته شدند. مدل های دو مرحله ای شامل ترکیب های مختلفی از آثار تصادفی ژنتیکی افزایشی مستقیم (A)، ژنتیکی افزایشی وابسته به جنس مستقیم (S)، ژنتیکی مادری (G) و محیطی مادری (E) بودند. در مدل های رگرسیون ثابت، علاوه بر ترکیب های مختلف آثار تصادفی ژنتیکی افزایشی مستقیم (A)، ژنتیکی افزایشی وابسته به جنس مستقیم (S)، محیطی دائمی (P)، ژنتیکی مادری (G) و محیطی مادری (E)، رگرسیون ثابت وزن روی سن بر اساس چند جمله ای های لژاندر درجه 3، 4 یا 5، نیز برای برازش میانگین روند رشد در جمعیت در نظر گرفته شد. در مدل های رگرسیون تصادفی، علاوه بر یک تابع ثابت برای برازش میانگین روند جمعیت، ترکیب های گوناگون از توابع تصادفی برای برازش اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی مستقیم (A)، ژنتیکی افزایشی وابسته به جنس (S)، محیطی دائمی (P) و ژنتیکی مادری (G) و محیطی مادری (E) در نظر گرفته شدند، به گونه ای که یک تابع چند جمله ای لژاندر درجه 4 و توابع درجه 3 یا 4 لژاندر به ترتیب، برای توابع ثابت و تصادفی به کار برده شدند. اجزای واریانس با تجزیه های تک متغیره و چند متغیره مدل های دو مرحله ای و مدل های رگرسیون ثابت و رگرسیون تصادفی، به عنوان مدل
  26. اثر تزریق درون تخم مرغی لتروزل، عصاره های ریشه گزنه و سیر بر تمایز جنسیت و عملکرد رشد جوجه های گوشتی
    1396
    اثر تزریق درون تخم مرغی لتروزل، عصاره های ریشه گزنه و سیر بر تمایز جنسیت و عملکرد رشد جوجه های گوشتی
  27. اثر جایگزینی ذرت با بوجاری گندم و تریتیکاله مکمل شده با انزیم زایلاناز بر عملکرد، صفات فیزیولوژیکی و کلسترول پلاسما و تخم مرغ در پولت های تخم گذار
    1396
    --
  28. اثر سطوح مختلف سلنیوم بر عملکرد و برخی فراسنجه های شکمبه و پلاسما در بزهای نر در حال رشد
    1395
    به منظور بررسی اثر سطوح مختلف مکمل سلنیوم بر عملکرد، فراسنجه های متابولیکی و هماتولوژی، قابلیت هضم مواد مغذی و برخی مواد معدنی در بزهای نر دو آزمایش طراحی گردید. آزمایش اول شامل راس18 بز 5-4 ماهه بود که بطور تصادفی به 3 گروه تقسیم شدند. تیمارها شامل: 1) گروه شاهد (جیره پایه بدون افزودن مکمل سلنیومی، که حاوی 06/0 پی پی ام سلنیوم بود)، 2) جیره شاهد + 15/0 پی پی ام سلنیوم بصورت سلنیت سدیم و 3) جیره شاهد + 3/0 پی پی ام سلنیوم بصورت سلنیت سدیم) بودند. این آزمایش 60 روز به طول انجامید. بزها در روزهای صفر، 15، 30، 45 و 60 وزن کشی شدند و خوراک مصرفی برای هر حیوان به صورت روزانه اندازه گیری شد. در روز های صفر، 30 و 60 آزمایش قبل از نوبت غذایی صبح از طریق سیاهرگ وداج خونگیری صورت گرفت و فراسنجه های متابولیکی شامل: غلظت گلوکز، تری گلیسیرید (TG)، کلسترول (CHOL)، لیپوپروتئین های با چگالی کم (LDL)، لیپوپروتئین های با چگالی بسیارکم (VLDL)، لیپوپروتئین های با چگالی زیاد (HDL)، پروتئین تام، آلبومین، گلوبولین، فعالیت آنزیم های آسپارتات آمینو ترانسفراز (AST)، آلکالین فسفاتاز (ALP)، آلانین آمینو ترانسفراز (ALT)کراتین فسفوکیناز (CPK)، غلظت هورمون های تری یدوتیرونین (T3) و تترایدوتیرونین (T4) سرم، فعالیت گلوتاتیون پراکسیداز (GPX) خون و همچنین فراسنجه های هماتولوژی (تعداد گلبول های سفید، تعداد گلبول های قرمز، درصد هماتوکریت و غلظت هموگلوبین)و غلظت عناصر ، کلسیم (Ca)، فسفر (P)، روی (Zn)، مس (Cu) و آهن (Fe) پلاسما اندازه گیری شد. همچنین در انتهای آزمایش قبل از نوبت غذایی صبح، به منظور تعیین غلظت آمونیاک، مایع شکمبه اخذ شد. در آزمایش دوم 5 راس بز از تیمارهای آزمایش اول، بطور تصادفی انتخاب و به قفس های قابلیت هضمی انتقال یافت و قابلیت هضم ظاهری مواد مغذی و Ca،P ، Zn، Cu و Fe اندازه گیری شد. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار SAS ، در قالب طرح کاملاً تصادفی با اندازه گیری های تکرار شده درواحد زمان صورت گرفت و مقایسه میانگین ها با استفاده از آزمون چند دامنه ای دانکن انجام شد. بر اساس نتایج این پژوهش میانگین خوراک مصرفی روزانه و میانگین وزن بدن بین تیمارها اختلاف معنی داری نداشت (05/0P>) اما، میانگین افزایش وزن روزانه در تیمار 3/0 پی پی ام بطور معنی داری نسبت به شاهد افزایش یافت. تفاو
  29. اثر آنزیم پروتئاز بر راندمان مصرف پروتئین وجایگزینی کنجاله تخم پنبه با کنجاله سویا و جنبه های اقتصادی آن در جیره جوجه های گوشتی
    1395
    چکیده: این تحقیق به منظور بررسی اثرات جایگزین نمودن کنجاله سویا با کنجاله پنبه دانه با و بدون استفاده از آنزیم پروتئاز، بر عملکرد، قابلیت هضم مواد مغذی به روش برون تنی، خصوصیات لاشه ، مورفولوژی دستگاه گوارش و پارامترهای خونی در جوجه های گوشتی از سن 1 تا 42 روزگی انجام شد. مجموعا 270 قطعه جوجه گوشتی یکروزه سویه راس 308 با وزن بدن اولیه 7/2 ±86/38 گرم بصورت آزمایش فاکتوریل 3×2 و در قالب طرح کاملا تصادفی و مشتمل بر 6 تیمار، 4 تکرار و 15 قطعه جوجه در هر تکرار اختصاص یافتند. تیمارها شامل: 1- تیمار شاهد (دانه ذرت و کنجاله سویا) و تیمارهای 2، 3، 4، 5 و 6 به ترتیب حاوی 20 و 30 درصد جایگزینی کنجاله پنبه دانه با کنجاله سویا مکمل شده با آنزیم و بدون آنزیم پروتئاز طراحی گردیدند (آنزیم پروتئاز به مقدار صفر و 200 گرم در تن برای همه تیمارها اعمال گردید). به منظور غیر فعال سازی گوسیپول کنجاله پنبه دانه از سولفات آهن در جیره استفاده گردید. جیره های آزمایشی بصورت دوره آغازین (1 تا 10 روزگی)، رشد (11 تا 24 روزگی) و پایانی(25 تا 42 روزگی) در نظر گرفته شد. خوراک مصرفی،تغییرات وزن بدن و ضریب تبدیل غذایی به صورت هفتگی و دوره ای اندازه گیری شدند. خصوصیات دستگاه گوارش و قابلیت هضم مواد مغذی در سن 27 روزگی اندازه گیری شدند. نتایج آزمایش نشان داد که خوراک مصرفی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک در دوره های مختلف و در کل دوره تحت تاثیر تیمارهای آزمایشی قرار نگرفت (05/0 P> ). وزن اندام های گوارشی و لاشه در سنین 27 روزگی تحت تاثیر تیمارهای مختلف قرار نگرفتند. به جز سنگدان و پانکراس که سطح 30 درصد جایگزینی کنجاله پنبه دانه با کنجاله سویا در سن 27 روزگی باعث افزایش وزن متمایل به معنی دار (076/0 P=) آن ها نسبت به شاهد شد و همچنین آنزیم پروتئاز باعث کاهش معنی دار وزن سنگدان و پانکراس شد (05/0 P< ). در ضمن استفاده از جیره شاهد بدون آنزیم سبب افزایش وزن متمایل به معنی دار (075/0 P= ) پانکراس نسبت به جیره 30 درصد جایگزینی با و بدون آنزیم گردید. در بررسی اندام های گوارشی در سن 42 روزگی، سطح 30 درصد جایگزینی افزایش وزن معنی داری را در سنگدان نشان داد و سطح 20 درصد جایگزینی وزن سینه را بطور متمایل به معنی داری افزایش داد و عدم استفاده از آنزیم پروتئاز باعث افزایش متمایل به معنی دار(0588/0P=) طول دئودنوم
  30. بررسی چند شکلی ژن GPR54 و ارتباط آنها با توانایی تولیدمثلی در گوسفندان مهربان
    1395
    هدف از این تحقیق شناسایی چندشکلی های موجود در ژن GPR54 در گوسفند نژاد مهربان با کمک روش های چندشکلی تک رشته ای فضایی (SSCP) و توالی یابی مستقیم و بررسی تاثیر ارتباط آن با رکوردهای چندقلوزایی بود. ژن GPR54 به عنوان یکی از ژن های موثر بر باروری شناخته شده است که در افزایش نرخ تخمک گذاری و چندقلوزایی موثر است. از تعداد 100 راس گوسفند نژاد مهربان به طور تصادفی نمونه خون تهیه و استخراج DNA به روش کیت از خون کامل انجام شد. در واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) با استفاده از پرایمرهای اختصاصی در مرحله اول یک قطعه 923 جفت بازی منطقه تنظیمی ژن، یک قطعه 850جفت بازی اگزون و اینترون 1 و قطعه 925 جفت بازی اگزون و اینترون 2 و همچنین اگزون 3 ژن GPR54 تکثیر شدند که در ادامه از هر نژاد بصورت تصادفی دو نمونه مستقیما توالی یابی شدند. نتایج وجود 4 جهش تک نوکلئوتیدی در منطقه تنظیمی ژن و یک جهش تک نوکلئوتیدی در اینترون 1 را نشان داد. در مرحله دوم تحقیق برای بررسی دقیق تر جهش ها در منطقه تنظیمی ژن و همچنین بررسی احتمالی وجود جهش در مناطق دیگر ژن با استفاده از پرایمرهای اختصاصی قطعه 295 جفت بازی بخشی از منطقه تنظیمی ژن، قطعه 321 جفت بازی اگزون 4 و همچنین قطعه 257 جفت بازی اگزون 5 ژن GPR54 تکثیر شدند. در قطعه منطقه تنظیمی ژن چهار چند شکلی تک نوکلئوتیدی T→G، T→C، C→A و A→C در جایگاه های به ترتیب 74، 134، 153 و 249 جفت باز در دوالگوی متفاوت ازSSCP از ژن، یک چند شکلی A→C در جایگاه نوکلئوتیدی 106 جفت باز در اگزون 4 با دو الگوی متفاوت SSCP از ژن شناسایی شد که منجر به تغییر یک اسید آمینه گردید. همچنین سه چند شکلی در سه الگوی متفاوت SSCP در اگزون 5 ژنGPR54، تک نوکلئوتیدی G→A و C→A به ترتیب در جایگاه های 160 و 175 جفت باز و یک جهش تک نوکلئوتیدی جایگزینی A با G در جایگاه 160 جفت باز شناسایی شد که منجر به تغییر اسیدآمینه نگردید. بررسی ارتباط بین ژنوتیپ ها با صفات تولیدمثلی شامل تعداد بره در هر زایش (LS)، میانگین وزن بره های متولد شده در هر زایش (ABWL)، میانگین مجموع وزن بره های متولد شده (TBWL)، نشان داد که چندشکلی مربوط به منطقه تنظیمی ژن، ارتباط معنی داری با صفات تولیدمثلی بررسی شده، نداشتند. چندشکلی های مشاهده شده در اگزون 4 و اگزون 5 ژن GPR54 رابطه ی معنی دار با صفات تولیدمثلی مورد مطالعه داشتند (05/0
  31. اثر دانه کامل یا اسیاب شده گندم و تریتیکاله در جیره بر پایه ذرت و کنجاله سویا مکمل شده با انزیم زایلاناز بر عملکرد، خصوصیات دستگاه گوارش و قابلیت هضم مواد مغذی در بلدرچین ژاپنی
    1395
    هدف از انجام این آزمایش، بررسی اثر دانه کامل یا آسیاب شده گندم و تریتیکاله مکمل شده با آنزیم زایلاناز بر عملکرد تولیدی، صفات کیفی تخم بلدرچین، خصوصیات دستگاه گوارش، قابلیت هضم مواد مغذی و ویسکوزیته محتویات روده باریک در بلدرچین های تخم گذار بود. مجموعا 210 قطعه بلدرچین ژاپنی تخم گذار در قالب طرح کاملا تصادفی بصورت آزمایش فاکتوریل 2+2×2×2 مشتمل بر 10 تیمار،3 تکرار و 7 قطعه بلدرچین در هر تکرار از سن 19 تا 24 هفتگی اختصاص یافتند. تیمارهای آزمایشی بشرح ذیل در نظر گرفته شد: 1) تیمار شاهد شامل ذرت-کنجاله سویا بدون آنزیم، 2) تیمار شاهد شامل ذرت- کنجاله سویا با آنزیم، 3) تیمار گندم آسیاب شده بدون آنزیم، 4) تیمار گندم آسیاب شده با آنزیم، 5) تیمار گندم دانه کامل بدون آنزیم، 6) تیمار گندم دانه کامل با آنزیم، 7) تیمارتریتیکاله آسیاب شده بدون آنزیم، 8) تیمار تریتیکاله آسیاب شده با آنزیم، 9) تیمار تریتیکاله دانه کامل بدون آنزیم و 10) تیمار تریتیکاله دانه کامل با آنزیم. کلیه تیمارها حاویصفر و 150 گرم آنزیم زایلاناز در تن بودند.میزان تخم گذاری و وزن تخم بلدرچین بطور روزانه و خوراک مصرفی بصورت هفتگی رکوردبرداریشد. نتایج نشان داد که در کل دوره آزمایش، صفات تولیدی تحت تاثیر نوع غله (گندم یا تریتیکاله) قرار نگرفتند (05/0P>). افزودن دانه کامل به جیره، خوراک مصرفی (0584/0=P) و میزان تخم گذاری را بطور معنی داری (05/0>P) نسبت به دانه آسیاب شده افزایش داد ولی وزن تخم بلدرچین، توده تخم و ضریب تبدیل غذایی تحت تاثیر تیمارها قرار نگرفتند (05/0P>). افزودن آنزیم زایلاناز به جیره، اثر مثبتی را بر صفات فوق نشان نداد (05/0P>). شاخص زرده و رنگ زرده در جیره گندم نسبت به تریتیکاله افزایش معنی دارییافتند (05/0>P). استفاده از دانه کامل در جیره، واحد هاو رابطور معنی داری افزایش داد (05/0>P). وزن نسبی اندام های گوارشی تحت تاثیر نوع غله، شکل خوراک و آنزیم قرار نگرفتند (05/0P>). pHژژنوم در تیمار دانه کامل نسبت به دانه آسیاب شده بالاتر بود (05/0>P). مکمل نمودن جیره با آنزیم زایلاناز، موجب کاهش متمایل به معنی دار pH سنگدان (0822/0 P=) و کاهش معنی دار pH روده کور گردید (05/0>P). افزودن دانه کامل به خوراک، انرژی قابل متابولیسم ظاهری و قابلیت هضم ماده خشک جیره را افزایش داد (05/0>P). ویسکوزیته محتویات روده باریک
  32. بررسی توزیع فراوانی کدون ها در ژنوم برخی حیوانات اهلی
    1395
    چکیده انسان و حیوانات اهلی قرن ها است که از یک دیگر بهره می برند و به رفاه یک دیگر کمک می کنند. این حیوانات در ورزش، ایجاد شغل، درآمد، تفریح و سرگرمی برای میلیون ها نفر مورد استفاده قرار می گیرند همین امر باعث شده است که در سال های اخیرمطالعات گسترده ای در زمینه ژنتیک و اصلاح نژاد حیوانات اهلی انجام شود. بدیهی است داشتن اطلاعات بیشتر درباره ساختار ژنوم و نحوه عملکرد DNA، RNA و پروتئین کمک زیادی به انجام فرآیندهای اصلاح نژادی می کند. امروزه تجزیه و تحلیل توالی ژنوم یکی از کارهای رایجی است که به وسیله رشته بیوانفورماتیک انجام می شود، یکی از راه های این آنالیز در رشته بیوانفوماتیک مقایسه بین ژنوم های مختلف است. در ژنومیک مقایسه ای، کل ژنوم و یا بخش بزرگی از توالی ژنوم از نظر مشابهت های زیستی پایه، تفاوت ها و همچنین روابط تکاملی بین موجودات مورد مقاسیه قرار می گیرند. در این پژوهش ، به بررسی و مقایسه توزیع فراوانی کدون ها در ژنوم هسته ای، ژنوم میتوکندریایی و توالی mRNA برخی حیوانات اهلی پرداخته شده است. برای این منظور توالی ژنوم های هسته ای، میتوکندریایی و توالی mRNA حیواناتی از جمله مرغ، بوقلمون، گاو، گوسفند، بز، موش، موش صحرایی، اردک ماهی، ماهی تیلاپیا، میمون و انسان از طریق بانک اطلاعاتی NCBI به دست آمد. فرمت فایل های به دست آمده به صورتFASTA بودکه پس از ویراش فایل ها توسط نرم افزار EmEditor، فراوانی ظاهری همه توالی های سه تایی ممکن (کدون ها) با استفاده از بسته seqinr نرم افزار R شمارش شد، سپس فراوانی های به دست آمده به درصد تبدیل شد و به وسیله نرم افزارهایی چون SPSS و Excel مورد بررسی وتجزیه و تحلیل قرار گرفت. در نهایت با توجه به اینکه اطلاعات ژنتیکی به شکل کدون ها یا به عبارتی توالی های سه نوکلئوتیدی هستند که به اسیدهای آمینه ترجمه می شوند فراوانی اسیدهای آمینه در هر سه ژنوم با استفاده از نرم افزارهایی چون SPSS و Excelتجزیه و تحلیل شد. نتایج نشان داد که طول ژنوم هسته ای، ژنوم میتوکندریایی و mRNA ها در حیوانات مختلف متفاوت است و طول ژنوم میتوکندریایی در هر یازده گونه Kbp 16 است. برابری تعداد نوکلئوتید های A با تعداد نوکلئوتیدهای T و تعداد نوکلئوتیدهای C با تعداد نوکلئوتیدهایG در ژنوم هسته ای و توالی mRNA همه حیوانات مورد مطالعه مشاهده شد اما این برابری بین تعداد نوکل
  33. اثر برازش آشیانه ای رگرسیون ثابت درمدل های رگرسیون تصادفی دارای توابع لژاندر برای تجزیه ژنتیکی صفات تولیدی درگاوهای هلشتاین
    1395
    این پژوهش به منظور بررسی اثر برازش آشیانه ای تابع ثابت در مدل های رگرسیون تصادفی دارای توابع لژاندر برای تجزیه ژنتیکی تولید شیر در گاوهای هلشتاین انجام شد. در این تحقیق از 56644 رکورد روز آزمون تولید شیر مربوط به دوره شیردهی اول 6833 راس گاو شیری هلشتاین که طی سال های 1380 تا 1394 (15 سال) توسط سازمان جهاد کشاورزی استان همدان جمع آوری شده بودند، استفاده شد. آماده سازی و ویرایش داده ها با نرم افزارهای Excel، Access، Minitab، SAS و CFC انجام شد. در مدل های مورد بررسی اثرات گله- سال- فصل، تعداد دفعات دوشش و سن زایش اثرات ثابت بودند و اثرات ژنتیکی افزایشی و محیطی دائمی به عنوان اثرات تصادفی در نظر گرفته شدند. چند جمله ای های لژاندر با درجه های 3 تا 6 برای توابع ثابت و تصادفی مدل برازش شدند. تابع ثابت به یکی از شکل های برازش شده برای همه ی جمعیت، آشیانه ای در گله – سال - فصل یا آشیانه ای در تعداد دفعات دوشش برازش شد. واریانس باقی مانده به صورت ناهمگن در 6 کلاس در نظر گرفته شد. اجزای واریانس و پارامترهای ژنتیکی با الگوریتم میانگین اطلاعات بیشترین درست نمایی محدود شده (AI-REML) با استفاده نرم افزار WOMBAT برآورد شدند. برای مقایسه مدل ها از معیارهای اطلاعاتی آکائیک (AIC )، بیزین (BIC)، آزمون نسبت درست نمایی (LRT) استفاده شد. نتایج نشان دادند که برازش آشیانه ای تابع ثابت در گله – سال – فصل بهترین روش برازش تابع ثابت در مدل های رگرسیون تصادفی برای تجزیه ژنتیکی تولید شیر در جمعیت مورد بررسی است. بر اساس معیارهای AIC، BIC و LRT، مدل دارای برازش آشیانه ای رگرسیون ثابت در گله – سال – فصل و توابع درجه 6، 3 و 6، به ترتیب برای تابع ثابت و توابع تصادفی ژنتیک افزایشی و محیط دائمی به عنوان بهترین مدل انتخاب شد. دامنه ی پارامترهای ژنتیکی برآورد شده توسط بهترین مدل شامل وراثت پذیری از053/0 ( روز یک) تا 134/0 (روز 201)، ضریب محیط دائمی 353/0 (روز 14) تا 548/0 (روز 305) برآورد شدند
  34. چندشکلی ژن هورمون رشد شترهای تک کوهانه ایران و ارتباط آن با برخی صفات فنوتیپی
    1395
    ژن هورمون رشد از مهمترین هورمون ها در ساخت وساز و رشد سلول های بدن محسوب می شود. هدف از این مطالعه بررسی چندشکلی ژن هورمون رشد شترهای تک کوهانه ایران، و ارتباط آن با برخی از صفات فنوتیپی است. در مطالعه حاضر چندشکلی ژن هورمون رشد در 100 نفر از جمعیت های شتر تک کوهانه ایران مورد ارزیابی قرار گرفت. این جمعیت ها از مناطقی شامل: سمنان، قزوین، کرمان، بوشهر و قم به طور تصادفی انتخاب و خون گیری شدند. واکنش زنجیره ای پلیمراز در این ژن توسط پنج جفت پرایمر برای همه پنج اگزون و چهار اینترون ژن مذکور صورت گرفت که چندشکلی در آن، طی دو روش PCR-SSCP و PCR-RFLP مورد بررسی قرار گرفت. در روش PCR-RFLP از دو آنزیم MSPI و HaeIII که به ترتیب دارای جایگاه شناسایی و برش C^CGG و GG^CC هستند؛ برای مناطق پرایمری اول و چهارم این ژن استفاده گردید. بررسی چند شکلی به روش PCR-SSCP نیز برای تمامی مناطق پرایمری انجام پذیرفت. در نهایت جهت اطمینان از چندشکلی، محصولات PCR هر یک از مناطق پرایمری توالی یابی شد. بررسی ارتباط بین ژنوتیپ های مشاهده شده با صفات فنوتیپی رکوردگیری شده توسط نرم افزار SAS 9.4 انجام گرفت. نتایج این پژوهش حاکی از حضور تنها یک چندشکلی (T419C) در اینترون اول این ژن بود و در سایر اگزون ها و اینترون ها جهشی مشاهده نشد. این جهش در الگوهای SSCP و در روش PCR-RFLP توسط آنزیم MSPI مشاهده شد. جهش مشاهده شده در ناحیه اینترون اول قرار دارد که منجر به تغییر هیچ اسید آمینه ای نمی شود. این جهش در هر پنج جمعیت مورد مطالعه شده مشاهده شد. در بررسی ارتباط بین صفات ریخت شناختی با ژنوتیپ های مختلف، تفاوت معنا داری (0.05
  35. بررسی چند شکلی ژن kiss1 و ارتباط آن ها با توانایی تولید مثلی در گوسفندان مهربان
    1394
    ژن Kiss1 به عنوان یکی ژن های موثر بر باروری شناخته شده است. در مطالعه حاضر چند شکلی های اگزون و اینترون 1 ژن Kiss1 و ارتباط آن ها با صفت تولید مثلی ( تعداد بره در هر زایش) با کمک روش های چند شکلی فضایی تک رشته ای (SSCP) و توالی یابی DNA در 100 میش نژاد مهربان مورد ارزیابی قرار گرفت. در واکنش زنجیره ای پلی مراز یک قطعه 331 جفت بازی از اگزون 1 و یک قطعه 230جفت بازی از اینترون 1 ژن Kiss1 تکثیر شدند. سه چند شکلی تک نوکلئوتیدی شامل: چند شکلی تک نوکلئوتیدی C→T در جایگاه نوکلئوتیدی 102، G→C در جایگاه نوکلئوتیدی 155 و همچنین چند شکلی تک نوکلئوتیدی در جایگاه نوکلئوتیدی 272 با 4 ژنوتیپ مختلف (چهار الگوی متفاوت SSCP) از اگزون 1 شناسایی شد که منجر به تغییر دو اسید آمینه گردید. همچنین یک چند شکلی تک نوکلئوتیدی G→C در جایگاه نوکلئوتیدی 140 با دو ژنوتیپ (دو الگوی متفاوت SSCP) از اینترون 1 شناسایی شد. تعداد آلل موثر به همراه شاخص شانون و نی نشان داد که گوسفندان نژاد مهربان در همه جایگاه های نوکلئوتیدی در اگزون و اینترون 1 چند شکل بودند در بررسی ارتباط بین ژنوتیپ ها با صفت تولید مثلی تعداد بره در هر زایش ژنوتیپ های مشاهده شده ارتباط معنی داری با تعداد بره در هر زایش نداشتند. نتایج بدست آمده از مطالعه حاضر نشان داد که اگزون و اینترون 1 ژن Kiss1 می توانند برای انتخاب با کمک نشانگر-ها در گوسفندان مهربان مورد توجه قرار گیرند.
  36. بررسی ارتباط ایندل ها در ژنوم بلدرچین ژاپنی با برخی صفات رشد
    1394
    پژوهش حاضر به منظور بررسی ارتباط ایندل ها در ژنوم بلدرچین ژاپنی با برخی صفات رشد و شناسایی ایندل های موثر انجام شد. در این پژوهش از رکوردهای فنوتیپی صفات وزن تولد، وزن در سنین 7، 14، 21 و 28 روزگی، وزن لاشه و سینه در 28 روزگی مربوط به 77 قطعه بلدرچین استفاده شد. بلدرچین ها از گله های پرورش بلدرچین گروه علوم دامی دانشگاه تهران بودند. افراد جمعیت F1 و F2 حاصل از تلاقی دو لاین سبک وزن و سنگین وزن بودند. از نرم افزار EXCEL 2010 جهت ویرایش و آماده سازی داده ها استفاده شد. ارتباط بین ایندل ها با صفات رشد و همچنین تعیین ژنوتیپ های موثر بر صفات رشد با استفاده از مدل های خطی تعمیم یافته و با کمک رویه GLM در نرم افزار SAS تجزیه و تحلیل شد. در این پژوهش اثرات جنس، هچ و کانتیگ بعنوان اثرات مستقل و صفات وزن یک، 7، 14، 21، 28 روزگی و وزن لاشه و سینه در 28 روزگی به عنوان صفات وابسته در مدل در نظر گرفته شدند. فراوانی های آللی و ژنوتیپی ایندل هایی که بر صفات رشد بلدرچین ژاپنی موثر بودند (دو آللی و چند آللی) با استفاده از نرم افزار POPGENE Version 1.32 برآورد شدند و برای آن ها آزمون تعادل هاردی-واینبرگ آزمون انجام شد. نتایج نشان داد که از بین 96 ایندل مورد بررسی20 ایندل با برخی از صفات رشد در بلدرچین ژاپنی ارتباط داشتند. 6 ایندل بر صفت وزن یک روزگی، 2 ایندل بر صفت وزن هفت روزگی، 9 ایندل بر صفت وزن 14 روزگی، 9 ایندل بر صفت وزن 21 روزگی، 7 ایندل بر صفت وزن 28 روزگی، 2 ایندل بر صفت وزن لاشه در 28 روزگی و 5 ایندل بر صفت وزن سینه در 28 روزگی موثر بودند. در این پژوهش تعداد 9 ایندل موثر، چند آللی بودند و تعداد 11 ایندل موثر، دو آللی بودند که ایندل شماره 1023682 با 15 آلل بیشترین تنوع آللی را داشت. در کل ایندل ها، فراوانی آللی در محدوده 008/0 تا 839/0 بود. همچنین تعداد قابل ملاحظه ای از ایندل ها دارای تعادل هاردی-واینبرگ در جمعیت نبودند.
  37. مقایسه مدل های مختلط دامی و شبکه های عصبی مصنوعی برای پیش بینی ارزش اصلاحی در داده های واقعی و شبیه سازی شده
    1394
    این پژوهش به منظور مقایسه مدل های مختلط دامی و شبکه های عصبی مصنوعی برای پیش بینی ارزش های اصلاحی در شرایط مختلف وراثت-پذیری و میزان کامل بودن شجره در داده های شبیه سازی شده و واقعی انجام شد. شبیه سازی داده ها تحت مدل بینهایت جایگاه ژنی در نرم افزار R در چهار وراثت پذیری متفاوت (1/0 ، 3/0، 5/0 و 7/0) در 10 تکرار انجام شد. در نسل پایه 4000 فرد ایجاد شدند. در هر نسل به صورت تصادفی 50 نر و 500 ماده به عنوان والدین نسل آینده در نظر گرفته شد. برای هر مادر 3 فرزند و جنسیت فرزندان به صورت تصادفی به احتمال 50% در نطر گرفته شد. شبیه سازی تا 20 نسل ادامه یافت به گونه ای که در هر جمعیت شبیه سازی شده 34000 فرد دارای شجره و رکورد ایجاد شدند. در تجزیه داده ها، ارزش های اصلاحی با شجره های کامل یا ناقص (نبودن 30 % درصد اطلاعات والدین)، با یک مدل مختلط دامی پیش بینی شدند. در این مدل جنس و نسل به عنوان اثرات ثابت و اثر ژنتیکی افزایشی به عنوان اثر تصادفی در نظر گرقته شدند. همچنین، ارزش های اصلاحی با استفاده از شبکه های عصبی مصنوعی پرسپترون چند لایه، با نرم افزار NeuroSolutions 5 نیز برآورد شدند. در شبکه-های عصبی مصنوعی، داده ها به طور تصادفی به دو بخش (60% آموزش و 40% ارزیابی) تقسیم شدند. از الگوریتم پسا انتشار خطا با مدل مومنتیم، با تابع انتقال تانژانت هایبربولیک برای آموزش شبکه های عصبی مصنوعی استفاده شد. در این فرآیند، نخست چندین شبکه (1 لایه با 4 گره، 1 لایه با 6 گره، 2 لایه با 3 گره و 2 لایه با 4 گره) بررسی شدند. با توجه به میانگین مربعات خطا، شبکه ی دارای 1 لایه پنهان با 6 گره برای برآورد ارزش های اصلاحی و مقایسه با نتایج مدل مختلط به کار برده شد. ضرایب همبستگی میان ارزش های اصلاحی واقعی و برآورد شده توسط مدل مختلط دامی و شبکه های عصبی مصنوعی، فنوتیپ و همچنین همبستگی های رتبه ای با فنوتیپ برآورد شده توسط شبکه عصبی مصنوعی با نرم افزار SAS 9.2 برآورد شدند. همچنین در داده های واقعی شامل میانگین وزن تخم مرغ های بومی مازندران در سنین 28، 30 و 32 هفتگی، صفات تولید مثلی در گوسفند مهربان و میانگین تولید شیر در دوره اول شیردهی گاوهای هلشتاین استان همدان، ارزش های اصلاحی توسط مدل مختلط برآورد شدند. سپس ارزش های اصلاحی و فنوتیپ داده های واقعی توسط شبکه های عصبی مصنوعی نیز برآورد شدند. برای
  38. جستجوی ایندل ها در ژنوم بلدرچین ژاپنی
    1393
    بلدرچین ژاپنی متعلق به راسته گالیفورم و خانواده فاسیانیده، علاوه بر تولید گوشت و تخم به عنوان یک حیوان آزمایشگاهی مورد توجه قرار گرفته است. جهش های ایندلی مسئول ایجاد شکاف در توالی های همتراز شده و همچنین یکی از منابع مهم تغییرات تکاملی در سطوح مولکولی می باشند. در این پژوهش با استفاده از نرم افزار CLC Genomic Workbench 7.5 با دنوو اسمبل DNA بخشی از ژنوم 78 نمونه بلدرچین ژاپنی توالی مرجع در حدود 6/8 مگا باز با کانتیگ های منحصر به فرد 95 بازی ایجاد شد. سپس تک تک نمونه ها با این توالی مرجع نقشه یابی شدند که از بین این 78 نمونه نقشه یابی شده در حدود 51 درصد خوانش ها با توالی مرجع همتراز و 49 درصد باقی مانده عدم همترازی را نشان دادند. در نهایت 1046 ایندل شناسایی شد که از این میان حدود 75 درصد و 25 درصد به ترتیب به جهش های الحاقی و حذفی تعلق داشت که درصد بالایی از ایندل ها در محدوده 5-1 جفت بازی قرار داشتند. فراوانی هموزیگوتی و هتروزیگوتی در کل ایندل ها به ترتیب با تعداد 707 و 339 ایندل شناسایی شد که در بین آنها جهش های الحاقی با طول 1 باز بیشترین فراوانی را به خود اختصاص داده اند. تعداد 141 ایندل دارای توالی تکراری بود که بیشترین طول توالی تکرار شونده در ایندل ها محدوده 6-1 جفت باز قرار داشتند هم چنین بیشترین فراوانی نوکلئوتیدی در ایندل های یافت شده در مناطق تکرار شونده و غیر تکراری به باز آدنین در جهش های الحاقی تعلق داشت. از سوی دیگر نسبت فراوانی نوکلئوتیدی (A+T) به (G+C) در ایندل های یافت شده در مناطق غیر تکرار شونده به ترتیب 53 به 47 درصد مشاهده شد. که بالاترین تنوع نوکلئوتیدی در جهش های الحاقی جای داشت. در نهایت به ازای هر 2/8 کیلو باز یک ایندل (2/8 Kbp/ID =) و احتمال وقوع یک ایندل در هر جفت باز 0001/0 ( 4-10× 21/1= IDE/bp) مشاهده شد.
  39. همسانی ژنوم مرغ و بلدرچین بر اساس توالی DNA
    1393
    بر خلاف مرغ که اطلاعات ژنومی آن کامل است، اطلاعات ژنتیکی زیادی در رابطه با بلدرچین در دسترس نیست. با توجه به شباهت های ژنتیکی بلدرچین ژاپنی با مرغ و تکمیل نقشه ژنومی مرغ، توالی ژنومی تطبیقی آن و همولوژی مرغ با از جمله بلدرچین می تواند مورد مطالعه قرار بگیرند و نقشه ژنومی آن تهیه شود. هدف از این تحقیق بررسی همسانی ژنوم بلدرچین ژاپنی و مرغ بر اساس توالی DNA بود. برای این منظور بخشی از توالی DNA ژنومی تعداد 78 قطعه بلدرچین ژاپنی توالی یابی شده با روش توالی یابی چندگانه با دستگاه HiSeqTM 2000 سیستم ایلومینا و توالی ژنوم مرغ ثبت شده در سایت NCBI استفاده شد. مقایسه توالی DNA بلدرچین با ژنوم مرغ با نرم افزار CLC Genomic Workbench 7.04 انجام شد. با خود سرهم کردن توالی های DNA نمونه های مختلف بلدرچین ژاپنی که 1070 میلیون خوانش 95 بازی بود، 73/68 درصد از توالی ها همتراز شد. نتیجه بررسی ها نشان داد که حجم توالی DNA تهیه شده مرجع خام بلدرچین Mb4/103 در 1023877 کانتیگ با متوسط طول bp 101 با متوسط همپوشانی 675 تکرار تولید شد. بعد از فیلتر کردن، توالی جامع معتبر بخشی از ژنوم بلدرچین به طول Mb 93/29 با همپوشانی حداقل 6 تکرار ایجاد شد. نقشه یابی توالی جامع تهیه شده بلدرچین بر روی توالی کل ژنوم مرغ (کروموزوم ها 1-28، W و Z) حدود 19/83 درصد همسانی داشت. مجموع طول کل توالی بلدرچین نقشه یابی شده روی ماکروکروموزوم های مرغ برابر با 16160962 جفت باز بود که این مقدار برابر با 09/60 درصد ژنوم مرجع تهیه شده بلدرچین را تشکیل می داد. میزان شاخص همولوژی یا نسبت مشابهت ژنومی بین مرغ و بلدرچین ژاپنی در کل ماکروکروموزوم ها بر اساس توالی DNA 59/76 درصد بدست آمد که بیشترین نسبت مشابهت ژنومی بین مرغ و بلدرچین در روی ماکروکروموزوم های 3، 4 و Z به ترتیب برابر با 88/92، 23/92 و 11/83 درصد بدست آمد و کم ترین درصد مشابهت ژنومی در روی ماکروکروموزم جنسی W مرغ (55/10%) شناسایی شد. همچنین مجموع طول توالی بلدرچین نقشه یابی شده روی میکرکروموزوم های مرغ برابر با 10379482 جفت باز بود که این مقدار برابر با 62/38 درصد ژنوم مرجع تهیه شده بلدرچین را تشکیل می داد. میزان شباهت ژنومی یا شاخص همولوژی بر اساس توالی DNA در کل میکروکروموزوم های مرغ و بلدرچین 80/55 درصد بدست آمد که بیشترین نسبت مشابهت ژنومی بین مرغ و بلدرچین
  40. مقایسه مدل های مختلف رگرسیون تصادفی لژاندر دارای ساختارهای متفاوت واریانس باقی مانده برای برآورد مولفه های واریانس وزن بدن در گوسفند مغانی
    1393
    پژوهش حاضر به منظور مقایسه مدل های رگرسیون تصادفی دارای توابع لژاندر و ساختارهای متفاوت واریانس باقی مانده برای برآورد اجزای واریانس وزن بدن گوسفند مغانی انجام شد. داده های به کار برده شده در این پژوهش شامل 10354 رکورد وزن بدن 63 تا 416 روزگی مربوط به 2931 راس گوسفند مغانی بود که در طی سال های 1373 تا 1392 در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند مغانی واقع در شهرستان جعفرآباد مغان استان اردبیل جمع آوری شده بودند. نرم افزارهای Excel، Access و Minitab جهت ویرایش و آماده سازی داده ها مورد استفاده قرار گرفتند. اثرات ثابت موثر بر وزن بدن با کمک تجزیه مدل های خطی تعمیم یافته با نرم افزار SAS تعیین شدند. مدل های رگرسیون تصادفی به کار برده شده برای برآورد اجزای واریانس، شامل اثرات ثابت گروه های هم دوره (سال تولد - فصل تولد - نوع تولد - جنس) و سن مادر هنگام زایش، یک رگرسیون ثابت برای برازش میانگین تغییرات وزن بدن در جمعیت و رگرسیون های تصادفی برای برازش اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی مستقیم، محیط دائمی، ژنتیکی افزایشی مادری و محیط مادری بودند. در مدل های مورد بررسی، توابع لژاندر درجه 3 یا 4 برای رگرسیون ثابت و رتبه های رگرسیون های تصادفی ژنتیک افزایش مستقیم، ژنتیکی افزایشی مادری و محیط دائمی و رتبه 2 یا 3 برای رگرسیون تصادفی محیط مادری برازش شدند. مدل ها به صورت کامل یا کاهش یافته دارای دو یا سه اثر تصادفی برازش شدند. در مدل های کاهش یافته دارای سه اثر تصادفی، اثر محیط مادری و در مدل های کاهش یافته دارای دو اثر تصادفی اثرات محیط مادری و ژنتیکی افزایشی مادری از مدل حذف شدند. در همه مدل ها واریانس باقیمانده به صورت همگن یا ناهمگن در فاصله های زمانی 10 روزه، یک ماهه یا سه ماهه در نظر گرفته شد. اجزای واریانس با کمک نرم افزار Wombat برآورد شدند و مدل ها بر اساس معیار آکایک (AIC)، معیار اطلاعات بیزین (BIC) و آزمون نسبت درست نمایی (LRT) مورد مقایسه قرار گرفتند. ساختار واریانس باقیمانده در برخی از مدل ها برآوردهای واریانس ژنتیک افزایشی مستقیم و مادری را تحت تاثیر قرار داد، به گونه ای که بیشتر تفاوت بین مدل های دارای ساختارهای همگن و ناهمگن واریانس مشاهده شد. در مدل های دیگر، ساختارهای متفاوت واریانس باقیمانده تاثیری بر واریانس ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری نداشتند. ساختارهای واریانس باقیم
  41. بررسی اثر پری بیوتیک بایوماس بر جمعیت میکروفلورهای روده باریک و عملکرد مرغ های تخم گذار، های لاین 36-W
    1392
  42. تاثیر سطوح مختلف روغن های اکسیده شده بر عملکرد و کبد چرب مرغ های تخمگذار
    1392
  43. ارزیابی چندشکلی اگزون های 1 و 2 ژن BMP15 با روش PCR-SSCP و ارتباط آنها با توانایی تولیدمثلی در گوسفندان مهربان و لری
    1392
  44. بررسی چندشکلی اگزون 4 ژن ESRI و اگزون 2 ژون GDF9 با روش PCR-SSCP و ارتباط آنها با توانایی تولیدمثلی در گوسفندان مهربان و لری
    1392
  45. برآورد روندهای ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی برخی از صفات تولید مثلی در گوسفند مهربان
    1392
  46. ارزیابی چند شکلی اگزون های 1 و 2 ژن BMP15 با روش PCR-SSCP و ارتباط آنها با توانایی تولید مثلی گوسفندان مهربان و لری
    1392
  47. مقایسه مدل های مختلف رگرسیون تصادفی با ترکیب چندجمله ای های لژاندر و بی اسپلاین در برآورد مولفه های واریانس وزن بدن در گوسفند مغانی
    1392